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[결정요지]
이 사건 부동산은 청구인이 원시취득한 것이 아니고 중과세율 배제 대상도 아니므로 원시취득세율 2.8%를 적용하는 것은 타당하지 않으며, 도시형 공장, 기업부설연구소에 해당하지 않으므로 취득세 경감 대상에 해당하지 않는다.
[주문]
심사청구를 기각한다.
[이유]
1. 원 처분의 요지
가. 청구인1)은 2014. 3. 6. 생명과학 연구개발업 등을 영위하기 위하여 설립된 중소기업으로 2018. 4. 23. 청구 외 G으로부터 ▲▲도 △△시 @@구 소재 지식산업센터(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)의 분양권을 취득한 후 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 사용한다는 사유로 구 ｢지방세법｣(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제1호의 중과세율(8%)2)을 적용한 세액에서 구 ｢지방세특례제한법｣(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제3항에 따라 취득세 100분의 60을 경감하여 산출한 취득세 등 계 25,283,020원3)을 신고·납부하였다.
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1) 청구인은 이 사건 심사청구 당시 주식회사 E(대표이사 F)의 상호로 운영되었으나 2019. 8. 2. 주식회사 A(대표이사 B)과 합병하고 해산함
2) 대도시 내 부동산 취득 중과세율=(구 ｢지방세법｣ 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율 4%×3)-(구 ｢지방세법｣ 제6조 제19호에 따른 중과기준세율2%×2)
3) 총납부세액 25,283,020원=취득세 21,517,470원+지방교육세 3,227,620원+농어촌특별세537,930원
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나. 처분청은 2018년 감사원 대행 감사결과 청구인이 2018. 7. 20. 이 사건 부동산을 매각하였으므로 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다며 2018. 10. 12. 구 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 계 44,519,370원(가산세 7,401,730원 포함)을 과세예고하였다.
다. 청구인은 2018. 11. 9. ▲▲도지사에게 과세전적부심사를 청구하였으나 ▲▲도지사는 이를 불채택하였고, 처분청은 2019. 1. 10. 취득세 등 계 45,191,200원(가산세 포함)을 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
청구인은 분양권 매매를 통해 이 사건 부동산을 취득하였으므로 원시취득에 해당하고, 이 사건 부동산은 대기오염물질, 폐수배출시설의 설치와 전혀 무관한 도시형 공장에 해당하여 최초 취득 시부터 취득세 중과세율 적용 대상이 아니므로 처분청은 구 ｢지방세법｣ 제11조 제1항 제3호에 따라 원시취득세율 2.8%를 적용한 세액과 기납부한 세액의 차액을 환급하여야 한다.
그리고 청구인은 청구 외 주식회사 W(이하 “W”이라 한다)에 이 사건 부동산을 매각하였으나 이는 W으로부터 신약개발을 공동으로 진행하기 위한 투자금을 받기 위해 불가피한 것이었고, 청구인은 매각대금을 연구개발비용으로 사용하고, 이 사건 부동산을 당초 목적에 따라 연구소로 사용하고 있으므로 이 사건 부과처분은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은
① 이 사건 부동산에 대하여 원시취득세율 2.8%를 적용하는 것이 적정한지 여부,
② 이 사건 부동산이 취득세 경감 대상에 해당하는지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 생명과학 연구개발업 등을 영위하는 중소기업으로 2014. 3. 6. 설립된 후 2018. 5. 3. 본점을 ▲▲도 □□시 ◆◆구 ◈◈로 123에서 이 사건 부동산의 주소지를 포함한 ▲▲도 △△시 @@구 ◎◎대로, 1208호, 1209호로 이전한 것으로 확인된다.
2) 이 사건 부동산 분양계약서에 따르면 분양공급자 AA주식회사(이하 “AA”이라 한다)가 청구 외 G과 최초 분양계약을 체결하였고, 청구인은 2018. 4. 23. 청구외 G으로부터 이 사건 부동산 분양권(계약면적 381㎡, 전용면적 192.3㎡, 분양대금 723,520,900원)을 취득하였다.
3) 청구인은 2018. 4. 18. 처분청에 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 사용할 계획이라는 사유로 지방세 감면 신청을 하였다.
4) 처분청은 2018. 4. 19. 구 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호 및 구 ｢지방세특례제한법｣ 제46조 제3항에 따라 당초 결정세액 53,793,680원에서 32,276,210원을 감면하여 취득세 등을 납부하도록 통지하였고, 청구인은 2018. 4. 23. 취득세 등 계 25,283,020원을 납부하였다.
5) 청구인은 2018. 7. 20. W에 이 사건 부동산을 701,709,908원에 매각하였다.
6) 처분청은 2018년 감사원 대행 감사 결과 청구인이 2018. 7. 20. 이 사건 부동산을 매각하였으므로 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다며 2018. 10. 12. 구 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호의 중과세율을 적용한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 계 44,519,370원(가산세 7,401,730원 포함)을 과세예고하였다.
7) 청구인은 2018. 11. 9. 경기도지사에게 과세전적부심사를 청구하였으나 경기도지사는 이를 불채택하였고, 처분청은 2019. 1. 10. 이 사건 부과처분을 하였다.
8) 이 사건 부동산의 등기부등본에 따르면 소유권 변동사항은 [표]와 같다. “표 생략‘
9) 이 사건 부동산 분양계약서 제9조에 따르면 아시아신탁은 건물의 준공일로부터 60일 이내에 보존등기를 한다고 되어 있고, 매수자는 분양금액 및 기타 납입금을 완납하고 보존등기가 완료된 후 매수자 비용으로 소유권이전을 필하여야 한다고 되어 있다.
10) 청구인의 중소기업 확인서에 따르면 주업종이 전문, 과학 및 기술서비스업(M)으로 되어 있다.
11) 청구인은 2018. 5. 1. W과 신약개발 공동진행을 위한 업무협약을 체결하였는데 그 내용은 다음과 같다. “생략”
12) W은 2018. 7. 4. 청구인과의 신약 공동개발 및 연구를 위한 사업부 신설과신약연구소 설립을 통한 신규사업의 진출을 위하여 이 사건 부동산을 취득한 사실을 공시하였다.
13) 청구인은 ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣(이하 “기초연구법”이라 한다) 제14조의2에 따라 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 인정받았다는 인정서를 제출하지 않았다.
다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세법｣ 제6조 등 [별지] 기재와 같다.
라. 판단
1) 이 사건 부동산에 대하여 원시취득세율 2.8%를 적용하는 것이 적정한지 여부
구 ｢지방세법｣ 제6조 제1호 및 제19호에 따르면 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 건축, 개수 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상 ․ 무상의 모든 취득을, “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하는 세율로서 1천분의 20을 말하고, 구 ｢지방세법｣ 제11조 제1항 제1호 및 제7호에 따르면 원시취득의 경우 1천분의 28, 그 밖의 원인으로 인한 취득 중 농지 외 부동산 취득의 경우 1천분의 40의 세율로 취득세액을 산정하도록 되어 있다.
구 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호에 따르면 대도시에서 법인 또는 사무소 등의 설립 이후 5년 이내에 업무용 또는 사업용의 부동산을 취득하는 경우 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용하되, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 구 ｢지방세법 시행령｣(2018. 4. 30. 대통령령 제28841호로 개정되어 기 전의 것) 제26조 제1항 제16호 및 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣(2018. 12. 11. 법률 제15866호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 산업집적법”이라 한다) 제28조에 따라 도시형 공장을 직접 사용할 목적으로 취득한 경우에는 대도시 중과 제외 업종으로 보아 구 ｢지방세법｣ 제11조에 따른 해당 세율을 적용하여 취득세액을 산정하도록 되어 있다.
구 산업집적법 제2조 제1호에 따르면 공장이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설 등을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장을 말하고, 구 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령｣(2019. 9. 24. 대통령령 제30094호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 산업집적법 시행령”이라 한다) 제2조 제1항과 ｢통계법｣ 제22조에 따르면 제조업의 범위는 통계청장이 고시하는 표준산업분류에 따른 제조업으로 되어 있다.
구 산업집적법 제28조 및 구 산업집적법 시행령 제34조 제1호에 따르면 도시형공장은 ｢대기환경보전법｣ 제2조 제9호에 따른 특정대기유해물질을 배출하는 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장 등에 해당하지 않는 첨단산업의 공장, 공해발생정도가 낮은 공장 등을 말한다.
｢한국표준산업분류｣(2017. 1. 13. 통계청 고시 제2017-13호, 이하 같다)에 따르면 원재료에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환하는 산업활동인 제조업과 자연과학 등의 연구분야에서 새로운 지식을 얻기 위한 기초탐구, 실용적 목적으로 연구하는 응용연구, 제품 및 공정개발을 위한실험개발 등의 연구개발업을 구분하고 있다.
미등기건물을 등기할 때에는 소유권을 원시취득한 자 앞으로 소유권보존등기를 한 다음 이를 양수한 자 앞으로 이전등기를 함이 원칙이다.4)
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4) 대법원 1995. 12. 26.선고 94다44675 판결
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위 관계 법령 및 법리 등에 비추어 살펴보면
① 인정사실 “2)항” 및 “8)항” 의 내용과 같이 이 사건 부동산의 최초 소유자는 AA이고, 청구인이 분양권 매매를 통해 이 사건 부동산의 소유권을 이전받은 것으로 되어 있는 점,
② 인정사실 “9)항”의 내용과 같이 이 사건 부동산의 분양계약서에도 AA이 보존등기를, 매수자가 이전등기를 하는 것으로 되어 있는 점,
③ 인정사실 “1)항” 및 “2)항”의 내용과 같이 청구인은 설립된 후 4년이 경과한 시점에 이 사건 부동산을 취득하여 구 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율 적용대상인 점,
④ 청구인은 이 사건 부동산을 도시형 공장으로 사용하고 있다고 주장하나 구 산업집적법에 따른 도시형 공장은 제조업을 영위하면서 대기오염물질배출시설 등을 설치하지 않아야 하는데 인정사실 “10)항”의 내용과 같이 청구인의 주업종은 ｢한국표준산업분류｣상 제조업이 아닌 연구개발업으로 확인되는 점 등을 고려할 때 이 사건 부동산은 청구인이 원시취득한 것이 아니고, 구 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 단서에 따른 중과세율 배제 대상도 아니므로 이 사건 부동산의 취득세 산정 시 원시취득세율 2.8%을 적용하는 것은 타당하지 않다.
2) 이 사건 부동산이 취득세 경감 대상에 해당하는지 여부
구 ｢지방세특례제한법｣ 제46조 제3항 및 제4항에 따르면 제1항에도 불구하고 ｢중소기업기본법｣ 제2조 제1항에 따른 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 60을 경감하고, 신축 건축물을 취득한 후 2년 이내에 기초연구법 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우와 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 중 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 되어 있다.
기초연구법 제14조의2와 기초연구법 시행령 제16조의2 및 기초연구법 시행규칙 제3조에 따르면 소속 기업부설 연구기관을 기업부설연구소로 인정받으려는 기업은 한국산업기술진흥협회에 신청하여야 하고, 한국산업기술진흥협회는 연구인력 및 시설 등의 기준을 충족하는 기업부설 연구기관을 기업부설연구소로 인정하는 경우 기업부설연구소 인정서를 발급하도록 되어 있다.
중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였다고 하더라도 기초연구법 시행령에서 정한 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 처음부터 취득세 등의 면제 대상에서 제외되어 원칙대로 부과되는 것이다.5)
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5) 대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결
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위 관계 법령 및 법리 등에 비추어 살펴보면 청구인의 주장대로 신약개발을 위한 공동연구를 위해 이 사건 부동산 매각은 불가피하였고, 이 사건 부동산을 당초 목적과 같이 기업부설연구소로 사용하고 있어 정당한 사유 없이 폐쇄하거나 다른 용도에 사용하는 경우에 해당하지 않는다고 하더라도 청구인이 이 사건 부동산의 취득세를 경감받기 위해서는 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 인정받아야 하는데 인정사실 “13)항”의 내용과 같이 청구인은 기업부설연구소 인정서를 제출하지 않아 이 사건 부동산이 기초연구법 제14조의2에 따른 기업부설연구소에 해당하는지 여부를 확인할 수 없는 점을 고려할 때 이 사건 부동산이 취득세 경감 대상에 해당하지 않는 것으로 판단된다.
따라서 이 사건 부동산은 청구인이 원시취득한 것이 아니고, 도시형 공장, 기업부설연구소에 해당하지 않으므로 이 사건 부과처분이 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.
4. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다. |
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
