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[결정요지]
청구법인이「인천광역시 부과ㆍ징수 및 감면조례」에 지방공사에 대한 감면규정이 삭제되고 동 규정의 「지방세특례제한법」이관 등으로 지방공사 등이 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면율이 50%까지 축소된 이후인 2014.12.31. 및 2015.12.31. 쟁점토지의 지목을 변경하였다 하더라도「인천광역시세 부과, 징수 및 감면조례」(2012.2.27. 인천광역시 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조의 일반적 경과조치 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.
[관련법령] 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제85조의2
[참조결정]조심2017지0539
[주 문]
OOO이 2018.5.4. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 「지방공기업법」및 「OOO 설립 및 운영에 관한 조례」에 따라 OOO가 100% 출자하여 설립한 지방 공기업으로,
청구법인과 OOO는 2003.8.11. 사업시행인가를 받아 2007.12.31. OOO 일원에 조성 중인 OOO 개발사업 중 4공구에 대한 택지조성공사(청구법인 30%, OOO 70% 지분비율, 이하 "쟁점택지조성공사"라 한다)에 착공하였다.
나. 청구법인과 OOO는 2015.12.31. 쟁점택지조성공사 중 2-2단계인 OOO 외 5,396,610㎡(이하 "쟁점1토지"라 한다)를, 2016.12.31. 쟁점택지조성공사 중 2-3단계인 OOO 외 443,992㎡(이하 "쟁점2토지"라 하고, 쟁점1토지와 합하여 이하 "쟁점토지"라 한다)를 각 준공하였고,
청구법인은 2016.2.29. 쟁점1토지의 청구법인 소유지분 30%에 관하여, 2017.2.16. 쟁점2토지의 청구법인 소유지분 30%에 관하여 각 토지의 지목변경에 따른 취득세 등 신고를 하면서 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제85조의2 제1항에 따라 「지방공기업법」에 의해 설립된 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 감면을 신청하여 취득세 등의 50%를 감면받았다.
다. 이후 청구법인은 2007.12.31. 쟁점택지조성공사에 착공하였으므로 「OOO 부과 징수 및 감면 조례」(2012.2.27. OOO 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조의 일반적 경과조치에 따라 쟁점토지의 지목변경 취득세가 100% 감면대상이라는 취지로 2018.3.19. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.5.4. 이를 거부하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.25. 심판청구를 제기하였다.
2.청구법인 주장 및 처분청 의견
가.청구법인 주장
「OOO의 지정 및 운영에 관한 법률」등에 따라 2003년부터 2020년까지 단계별로 OOO 일원에 19,300천㎡(약 584만평) 규모의 주택건설용지, 산업시설용지, 상업·업무시설용지, 공공시설용지 등을 조성(이하 "OOO"이라 한다)하는 사업이 추진됨에 따라 청구법인은 2004년 5월에 OOO와 기본협약을 체결하고 2007년 6월에 OOO와 세부협약을 체결하여 그 준공시기를 단계별로 구분한 후 공사의 효율적 진행을 위하여 4개 공구로 분할하여 2007년도에 모든 사업공구를 착공하였다.
이와 같이 청구법인은 「지방세특례제한법」(2011.12.3. 법률 제11138호로 일부개정된 것)이 개정·시행되기 훨씬 전인 2004년부터 OOO 개발사업 관련 기본협약을 체결하고 2007년 12월 지목변경 공사에 착공함으로써 쟁점토지의 취득(지목변경)과 밀접하게 관련된 직접적인 행위를 하였으므로 「OOO 부과 징수 및 감면 조례」(2012.2.27. OOO 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조의 일반적 경과조치에 따라 「OOO 부과 징수 및 감면 조례」(2011.1.10. OOO 조례 제4880호로 개정된 것) 제89조 제1항을 적용하여 쟁점토지에 대한 취득세 및 농어촌특별세를 전액 감면하여야 한다.
건축공사 등을 착공한 후에 지방세관계법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 그 취득시기에 관계없이 납세의무자의 신뢰를 보호하기 위하여 종전 법령을 적용하여 지방세 면제여부를 판단하여야 한다고 결정한 다수의 조세심판원 결정례(조심 2017지539, 2017.12.19. 등 다수)가 있는바, 청구법인은 지목변경에 대한 허가를 받아 착공하면서 당시의 조례에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였고, 그러한 신뢰를 보호하기 위하여 일반적 경과규정을 둔 것이므로 「OOO 부과 징수 및 감면 조례」(2012.2.27. OOO 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조, 「OOO 부과 징수 및 감면 조례」(2011.1.10. OOO 조례 제4880호로 개정된 것) 제89조 제1항에 따라 쟁점토지의 지목변경에 대한 취득세를 면제하여야 한다.
나. 처분청 의견
청구법인은 쟁점택지조성공사를 착공한 시점의 지방공사 등에 대한 감면규정인 구「OOO 부과·징수 및 감면 조례」에서는 취득세가 전액 면제되었는데 이후 위 규정이「지방세특례제한법」에 이관되어 쟁점택지조성공사를 준공한 시점(지목변경)에는 감면율이 축소(100분의 50 감면)되는 것으로 개정되었으므로 신뢰보호를 위해 종전의 규정에 따라 쟁점토지의 지목변경 취득세 등이 면제되어야 한다고 주장하나,
납세의무의 성립시기를 전후하여 조세법령이 개정된 경우에 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다고 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 규정을 적용하여야 할 것이므로(대법원 1995.6.30. 선고 94누5502 판결, 같은 뜻임), 이 건이 특별히 경과규정이 있는 경우에 해당하는지 살펴보면,
쟁점토지의 경우 지방공사 등에 대한 취득세 감면규정인「OOO 부과·징수 및 감면 조례」(2011.1.10. 조례 제4880호로 제정된 것) 부칙 제2조에서 종전의 「OOO 부과·징수 및 감면 조례」제89조 제1항의 지방공사 등에 대한 감면규정에 따라 취득세를 감면하였거나 감면하여야 할 경우라 하더라도 2011년 12월 31일까지 그 효력을 가지는 것으로 유효기간을 한정하고 있고, 이후 2012.2.27. 동 조례가 개정되면서 동 조항을 포함한 일부 감면규정을 「지방세특례제한법」에 이관하는 과정에서 부칙 제2조에서 동 조례에 의한 지방공사 등에 대한 감면의 ‘적용기한’을 2014년 12월 31일까지로 규정하고 있는 점, 토지의 지목이 사실상 변경된 것을 취득세의 과세대상인 취득으로 보기 위해서는 우선 그 토지의 주된 사용목적 또는 용도에 따라 구분되는 지목이 사실상 변경되어야 하므로 단지 공사에 착공하였다는 것만으로 지목이 변경되었다고 보아 지목변경공사 착공 당시의 법령을 적용하기는 무리가 있다고 볼 수 있는 점,
지방공사 등에 대한 감면규정이 기존 조례에서 2012.1.1.부터 시행되는 「지방세특례제한법」제85조의2의 조항에 이관되고 감면율도 100분의 75로 축소되면서 그 부칙에 일반적 경과규정이 없이 지방공사에 대한 감면 적용특례로서 ‘이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 100% 감면한다’고 규정함으로써, 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 한해 기득권 내지 신뢰보호의 대상인 것으로 볼 수 있고, 위 부칙의 ‘분양한’이란 ‘분양계약을 체결한’으로 해석(법제처-13-0595, 2013.12.31.)하고 있으므로, 청구법인의 경우 전체 분양계약이 체결된 것은 아니므로 여기에 해당되지 않는 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점택지조성공사를 함에 있어서 쟁점토지에 대한 준공일을 토지 지목변경에 따른 취득세 등의 납세의무 성립일로 보아「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 제85조의2 제1항 제1호의 규정에 따라 지방공기업의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세의 100분의 50은 감면하되, 나머지에 대한 취득세를 자진신고·납부한 것은 적법하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
착공 후 조세법령의 개정으로 감면율이 축소되었으나, 신뢰보호의 원칙 및 부칙의 일반적 경과규정에 따라 종전 규정을 적용하여 쟁점토지의 지목변경 취득세를 면제하여 달라는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 「지방공기업법」과 「OOO 설립 및 운영조례」에 따라 2003.3.31. OOO가 100% 출자하여 설립된 지방공사로서 ‘주택 및 일반건축물의 취득, 건설, 개발, 분양, 설계, 감리, 임대 및 관리사업’ 등의 사업을 영위하고 있다
(나) OOO 개발사업은 OOO(사업참여지분 70%)와 청구법인(사업참여지분 30%)이 OOO 일원 19,300,049.1㎡에 실시하는 도시개발사업으로, 그 시행경과는 다음과 같다.
1) OOO 개발사업 실시계획(변경) 승인(2016.12.12. 변경고시 기준)에 따른 개발사업 시행기간은 다음 <표1>과 같다. <표1> 개발사업 시행기간 “생략”
2) OOO와 청구법인은 2004.5.31. OOO 개발사업 시행을 위한 기본협약서를 체결하고, 2007.6.25. 세부협약서를 체결하여 OOO 개발사업을 효율적으로 시행하기 위한 OOO 및 사업시행자의 업무범위·사업비용·도시기반시설 분담 등 기본적인 사항 및 보상·개발·공급에 관련된 필요한 사항 등을 정하였다.
3) OOO 개발사업 공구별 공사도급 내역은 다음 <표2>와 같고, 쟁점토지는 그 중 4공구에 위치하고 있다. <표2> 영종하늘도시 개발사업 공구별 공사도급 내역 “생략”
4) 청구법인은 2007.12.28. OOO 개발사업 조성공사(4공구)를 위하여 OOO과 공사도급계약을 체결하고, 2007.12.31. 쟁점택지조성공사에 착공하였다.
5) 청구법인과 OOO는 쟁점토지의 매각을 위하여 주택건설사업등록업자에 대하여 경쟁입찰의 방식으로 2010.4.27. 외 다수의 분양공고를 하였다.
6) 청구법인은 2015.12.31. 쟁점1토지 택지조성공사를 준공하고, 2016.12.31. 쟁점2토지 택지조성공사를 준공한 후 2016.2.29. 및 2017.2.16. 처분청에 다음 <표3>와 같이 지목변경에 따른 취득세 등을 신고·납부하였다. <표3> 쟁점토지에 대한 취득세 등 신고·납부내역 (단위 : 원) “생략”
(2) 지방공사 감면 관련 법령 등 개정경과를 살펴보면,
① 2011.12.31.까지는 「OOO세 감면 조례」(2006.12.26. OOO 조례 제3966호로 전부개정된 것) 제21조 및 「OOO 부과·징수 및 감면조례」(2011.1.10. OOO 조례 제4880호로 제정된 것) 제89조 등에 따라 지방공사 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대하여 2011.12.31.까지 취득세를 면제하도록 규정하고 있고,
② 2012.1.1.부터 2013.12.31.까지는 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되어 2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것) 제85조의2에 따라 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2013.12.31.까지 취득세의 100분의 75에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 경감하도록 규정하고 있으며, 같은 법률 부칙 제8조에서 ‘이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다’고 규정하면서 그 제1호에서 ‘취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다’고 규정하여 2012.1.1. 위 「지방세특례제한법」시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 취득세를 면제(100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면)하도록 규정하고 있고,
③ 2014.1.1.부터 2016.12.31.까지는 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것) 제85조의2에 따라 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2016.12.31.까지 취득세의 100분의 50에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 경감하도록 규정하고 있으며, 같은 법률 부칙 제6조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다’ 는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 같은 뜻임)이다.
이 건의 경우, 지방공사 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.1. 「OOO세 감면조례」에 규정된 후 2012.2.27. 「OOO세 부과, 징수 및 감면조례」제89조가 삭제되기 까지 조례명과 조항만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 동 감면규정이 감면조례에서 삭제되고 2012.1.1. 「지방세특례제한법」으로 이관되면서 감면율이 점차 축소되어 2013.12.31.까지는 75%, 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시(2014.12.31. 및 2015.12.31.)에는 감면율이 50%로 축소되었고, 위 감면규정이 삭제된 「OOO세 부과, 징수 및 감면조례」(2012.2.27. OOO 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙조항에서 종전 감면규정에 대한 신뢰보호를 위하여 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있는바, 위와 같이 개정되기 전 감면조례 시행 당시 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위가 이루어진 경우에는 그 원인행위 당시의 감면조례를 적용하는 것이 타당한 점, 청구법인은 쟁점토지에 관하여 2003.8.11. 사업시행인가를 받아 2007.12.31. 착공 후 2010.4.27. 외 다수의 분양공고를 하였고, 착공 및 분양공고를 할 당시 시행 중이던 「OOO세 감면 조례」(2006.12.26. OOO 조례 제3966호로 전부개정된 것) 제21조 및 「OOO 부과·징수 및 감면조례」(2011.1.10. OOO 조례 제4880호로 제정된 것) 제89조 등에서 지방공사 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대하여 2011.12.31.까지 취득세를 면제하도록 규정하고 있어 보호할만한 신뢰가 존재한다 할 것인 점 등에 비추어,
청구법인이 「OOO 부과·징수 및 감면조례」에 지방공사에 대한 감면규정이 삭제되고 동 규정의 「지방세특례제한법」이관 등으로 지방공사 등이 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면율이 50%까지 축소된 이후인 2014.12.31. 및 2015.12.31. 쟁점토지의 지목을 변경하였다 하더라도 「OOO세 부과, 징수 및 감면조례」(2012.2.27. OOO 조례 제5074호로 개정된 것) 부칙 제4조의 일반적 경과조치 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ·지방세기본법」제96조 제6항과 ·국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 감면(지방세특례제한법)
