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기업부설연구소용 부동산에 대한 종합토지세 감면
(감심 제81호, 2000. 5. 30)
<주 문>
처분청은 99.5.10 청구인에게 한 종합토지세 등 709,200,690원의 부과처분 중 이 사건 견본주
택 부속토지에 대한 해당액 213,603,250원의 부과처분을 취소하여야 한다.
<이 유>
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 74.12.23자로 취득하여 사용하고 있는 서울특별시 ○○구 ○동 14-1
15,996㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 위에 있는 별지 기재 주택연구소내 건축물 명세에
서와 같이 본과 건물 1개 동, 견본주택 9개 동을 기업부설연구소용 건축물로 인정하여 98년
도까지 건축물 바닥면적 2,057.79㎡의 7배 이내인 14,404㎡에 대하여는 지방세법 제282조의
규정에 의거 종합토지세 등을 면제하고 나머지 1,592㎡의 부속토지에 대하여서만 종합토지
세 등을 부과하여 왔다.
그러나, 처분청은 99.4.23 현장조사 결과 위 10개 동의 건축물 중 3개 동의 견본주택(바닥면
적 계 256.67㎡)은 이미 멸실되고 2개 동의 견본주택(바닥면적 계 192.02㎡)중 1개 동은 직
원사택용으로, 또 다른 1개 동은 직원 식당용으로(위 직원사택용 견본주택 및 식당용 견본
주택을 이하 ‘이 사건 견본주택’이라 한다) 사용되고 있는 데 대하여 이를 기업부설연구
소용에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보아 그 부속토지에 대하여 94년도분 종합토지
세(109,581,150원)·교육세(21,916,230원) 계 131,497,380원을, 95년도분 종합토지세
(109,012,970원)·교육세(21,802,590원)·농어촌특별세(16,314,870원) 계 147,130,430원을, 96년
도분 종합토지세(99,222,350원)·교육세(19,844,470원)·농어촌특별세(14,847,900원) 계
133,914,720원을, 97년도분 종합토지세(110,869,680원)·교육세(22,173,930원)·농어촌특별세
(16,586,030원) 계 149,629,640원을, 98년도분 종합토지세(108,946,160원)·교육세(21,789,230
원)·농어촌특별세(16,293,130원) 계 147,028,520원을 합계 709,200,690원을 99.5.10자로 청구
인에게 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
가. 청구취지
이 사건 부과처분 중 직원사택용 견본주택과 직원식당용 견본주택에 해당하는 종합토지세
등 213,603,250원을 취소하여 달라는 취지의 청구
나. 청구이유
청구인은 이 건 부과처분 중 멸실된 3개 동의 견본주택 부속토지에 대한 종합토지세 부과처
분은 인정하지만 이 사건 견본주택은 98.10월까지 시험실 자재보관실 등 연구소 본연의 목
적과 기능에 부합되게 사용하였는 데도 99.4.23 현장조사시 식당과 사택으로 사용되고 있다
는 이유만으로 5년(94~98) 동안의 종합토지세 등을 추징하는 것은 부당하므로 이에 해당하
는 종합토지세 등 213,603,250원은 취소되어야 한다고 주장한다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건 견본주택이 종합토지세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 사택 및 식당으로 사용되어
왔다는 사실이 확인되지 않고 있는 데도 99.4.23 현장조사결과 사택 및 식당으로 사용되고
있다는 이유만으로 5년(94~98) 동안의 종합토지세 등을 소급 부과한 처분이 적법한지 여부
나. 인정사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구인은 62.7월 주택건설 등의 건설서비스업을 영위할 목적으로 서울특별시 ○구 ○○
동 45에 주사무소를 두고 설립된 법인이다.
(2) 청구인은 62.7월 주택연구소(이하 ‘위 연구소’라 한다)를 설립하여 주택 및 건설분야
에 관한 연구개발업무를 영위하여 오던 중 74.12.23 위 연구소용 건축물로 사용하기 위하여
이 사건 건축물 10개 동(본관 1개 동 1,081.19㎡, 견본주택 9개 동 976.6㎡)을 신축하여
75.10.20자로 청구인 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.
(3) 청구인의 위 연구소는 89.4.28 과학기술처장관으로부터 기술개발촉진법시행령 제13조의2
제1항제3호의 규정에 의한 기업부설연구소로 인정받았다.
(4) 청구인의 이 사건 토지 위에는 별지 ‘주택연구소내 건축물명세’와 같이 본관 사무실
건물 1개 동과 자재보관창고 및 시험실 등으로 사용하기 위한 9개 동의 견본주택이 있었으
나 그중 견본주택 3개 동(바닥면적 256.67㎡)은 91.1.28 소멸되었고 견본주택 2 및 견본주택
5 건물은 98.10월 경부터 각각 직원식당 및 사택 용도로 사용되어 왔다.
(5) 처분청은 99.4.23 현장조사결과 이 사건 견본주택이 직원식당과 사택으로 사용되고 있음
을 확인하고 99.5.10 이 사건 견본주택은 기업부설연구소용에 직접 사용되고 있지 않다는 이
유로 이 사건 견본주택 부속토지에 대한 94년도부터 98년도까지의 종합토지세 등
213,603,250원을 부과하는 처분을 하였다.
다. 관계법령의 규정
(1) 지방세법 제282조의 규정에 따르면 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하
기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한함)에 대하여
는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동
산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하도록 규정하고 있다.
(2) 지방세법시행령 제228조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건물
을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소
로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다.
(3) 지방세법 제234조의17의 규정에 따르면 종합토지세는 과세기준일(매년 6월 1일) 현재
토지의 이용상황에 따라 과세하도록 되어 있다.
라. 판단
처분청이 이 사건 견본주택이 99.4.23 현장조사시 식당 등의 용도로 사용되고 있다는 이유만
으로 기업부설연구소용에 직접 사용되지 아니하는 부동산이라 하여 그 부속토지에 대하여
94년부터 98년까지 5개년 동안의 종합토지세 등을 소급 부과한 이 사건 부과처분이 정당한
것인지 여부를 본다.
지방세법 제234조의17 규정에 따르면 종합토지세는 과세기준일 현재 토지 이용상황에 따라
부과하는 것이므로 처분청이 이 사건 견본주택이 기업부설연구소에 직접 사용하는 것이 아
니어서 그 부속토지가 지방세법 소정의 과세면제대상에 해당되지 아니함을 이유로 94년도분
부터 98년도분까지의 종합토지세 등을 적법하게 소급 부과하기 위하여서는 과세관청인 처분
청은 소급 부과기간인 94년부터 98년까지의 매 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 이 사건 견
본주택이 연구소용에 직접 사용되지 아니한 부동산임을 입증하여야 할 것이다.
그러나, 위 인정사실 (4) 및 (5)에서 본 바와 같이 이 사건 견본주택은 98.10월 이후 직원식
당 및 사택으로 사용된 사실만 확인되고 있을 뿐 94년부터 98년 사이의 매년도 종합토지세
과세기준일 현재 이 사건 견본주택이 시험실 자재보관실 등 당초 건축용도 이외의 용도로
사용되고 있다는 사실은 확인되지 않고 있다.
그럼에도 불구하고 처분청이 99.4.23 현장조사시 이 사건 견본주택이 식당과 사택으로 사용
되고 있다는 이유만으로 94년도부터 98년도까지의 이 사건 견본주택이 기업부설연구소용에
직접 사용되지 아니한 것으로 보아 그 부속토지에 대한 종합토지세 계 213,603,250원을 부과
한 것은 잘못된 것이라 하겠다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 이 사건 견본주택은 기업부설연구소에 직접 사용하지 아니하는 건축물로
서 그 부속토지는 종합토지세 감면대상이 아닌 것으로 보아 한 이 사건 부과처분은 위법하
다 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제
46조제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
