1. 들어가기

① 조세특례제한법 제119조 제3항(등록세 감면) 및 동 제120조 제3항(취득세 감면) 그리고 제121조(재산세 감면)에서 창업중소기업, 창업벤처중소기업, 고용창출형창업기업에 대하여 등록세와 취득세 및 재산세를 감면하도록 규정하고 있는바, 여기서는 창업중소기업에 대한 감면부분을 살펴보려고 한다.

② 창업중소기업에 대한 지방세 감면조건을 요약하면 다음과 같다.
     1. 과밀억제권역 이외의 지역에서 
     2. 중소기업에 해당할 것
     3. 창업에 해당할 것
     4. 창업일부터 2년 내에 취득하는 사업용재산일 때 감면대상
그러나 다음의 경우는 감면한 세액을 추징한다.
     1. 취득일(등기일)부터 2년 내에 정당한 사유 없이 직접사용하지 않은 때
     2. 최초 사용일부터 2년 이상 직접사용하지 아니하고
        - 처분하거나
        - 다른 목적에 사용하는 때 이상의 내용들을 구분해서 설명한다.

 2. 창업중소기업의 범위

가. 중소기업의 범위

① 중소기업이란(조특령 제2조) 다음의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다고 하겠다. 
     1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법시행령 별표 기준 이내
     2. 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것
② 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 증권거래법에 의한 주권상장법인·협회등록법인으로서 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

나. 업종별 범위

① 창업중소기업의 범위(조특법 제6조제3항)는 업종별로는 다음에 해당하여야 한다. 
     ○ 제조업 
     ○ 광업 
     ○ 부가통신업 
     ○ 연구 및 개발업 
     ○ 과학 및 기술서비스업 
     ○ 전문디자인업 
     ○ 방송법에 의한 방송사업과 방송프로그램제작업 
     ○ 엔지니어링사업(엔지니어링기술진흥법, 기술사법상의 엔지니어링 활동을 제공하는 사업) 
     ○ 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 
     ○ 물류산업(화물운송업, 화물취급업, 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송주선업, 화물포장업, 화물검수서비스업, 화물형량서비스업 및 항만법에 의한 예선업과 기타 산업용 기계장비임대업중 파렛트임대업) 
     ○ 영화산업(영화 및 비디오제작업, 영화 및 비디오제작관련서비스업, 영화배급업에 한한다) 
     ○ 공연산업(자영예술가를 제외한다) 
     ○ 관광진흥법에 의한 관광숙박업 
     ○ 대통령령이 정하는 관광객이용시설업(전문휴양업, 종합휴양업) 
     ○ 국제회의업 
     ○ 유원시설업 
     ○ 광고업 
     ○ 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 
     ○ 무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업을 영위하는 중소기업 
     ○ 학원의 설립·운영및과외교습에관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원
② 위와 같은 업종을 영위하기 위하여 창업하는 때 지방세를 감면하는바, 창업시부터 위와 같은 업종을 영위하여야 감면대상이 되는 것이지 감면제외 업종을 영위(창업)하다가 감면대상업종으로 변경 및 추가하는 경우는 이 규정상 창업중소기업에 해당하지 않는다(국세청 소득46011-1965, 1998. 7. 16). 여기서의 문제는 창업중소기업에 해당하지만 감면대상업종과 감면대상이 아닌 업종을 겸영하기 위하여 창업하는 경우에 대한 규정이 없기 때문에 다툼이 예상되고 있다. 필자의 의견은 사업용재산을 취득한 후 2년이내에 당해 사업에 직접사용하지 않으면 추징한다는 규정에서 볼 때, 감면대상업종에 사용하는 부분만을 감면대상으로 하며, 법인 설립등기에 대한 등록세는 개시대차대조표 등에 의하여 설립자본금을 안분하여 감면대상과 과세대상을 구분해야할 것으로 본다. 이상에서 감면대상업종이 법률 요건상의 미비 및 형식적인 것에 불과하다면 이 규정상 창업중소기업으로 볼 수 없겠다(행자부, 행심제2004-55호, 2004. 2. 23참조).

다. 지역적 범위

창업중소기업(조특법 제6조 제1항)이란 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 외의 지역에서 2006. 12. 31이전에 창업하는 중소기업을 말하므로 이 규정에 의하여 감면되는 지역은 위 과밀억제권역이외의 지역이 된다.
※ 2002년까지는 수도권정비계획법에 의한 성장관리권역도 감면대상에서 제외되는 지역임.

 <수도권 중 감면이 배제되는 지역>
※ 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역
○ 서울특별시
○ 인천광역시[강화군, 옹진군, 중구 운남동·운북동·운서동·중산동·남북동·덕교동·을왕동·무의동, 서구 대곡동·불노동·마전동·금곡동·오류동·왕길동·당하동·원당동, 연수구 송도매립지(인천광역시장이 송도신시가지조성을 위하여 1990년 11월 12일 송도앞공유수면매립공사면허를 받은 지역을 말한다), 남동유치지역을 제외한다]
○ 의정부시·구리시·남양주시(호평동·평내동·금곡동·일패동·이패동·삼패동·가운동·수석동·지금동 및 도농동에 한한다)
○ 하남시, 고양시, 수원시, 성남시, 안양시, 부천시, 광명시, 과천시, 의왕시, 군포시, 시흥시(반월특수지역을 제외한다)

라. 창업의 범위

1) 일반사항
① 조세특례제한법에서 창업중소기업이란 위 “가” 및 “나”와 같은 업종의 사업을 영위하기 위하여 “다”와 같은 지역에서 처음 원시적으로 개인사업 또는 법인을 설립하는 것을 말하는바, 따라서 이미 설립된 기존의 사업체를 승계하는 것은 창업으로 보지 않는 것이 원칙이다. 그러나 2005. 1. 1부터는 아래와 같이 사업양수 및 합병 등의 경우 사업용자산의 총 비율이 기존 사업용자산에 비해 30% 이하이면 창업으로 보도록 완화하였다.
② 한편 중소기업창업지원법령에서는 나름대로 창업 범위를 규정하고 있으나 지방세감면대상이 되는 창업은 조특법상의 창업을 의미하며(감사원, 감심제2003-168호, 2003. 11. 14참조), 중소기업창업지원법령상 창업에 해당하여도 조특법에서는 아래와 같은 경우 창업으로 보지 않는바, 이를 구분하여 살펴본다.

2) 창업으로 보지 않는 경우
① 다음의 경우는 창업으로 보지 않는다. (조특법 제6조 제4항)
※ 아래와 같은 경우 창업으로 보지 않으므로 창업중소기업에 대한 감면규정은 적용되지 않는다 하여도 취득세 및 등록세는 법인합병 또는 개인기업의 법인전환 등에 따른 비과세·감면규정이 별도 있음을 유의해야 한다.
<창업 제외 대상>
     1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우에는 그러하지 아니하다(2005. 1. 1 단서추가). 
     2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우 
     3. 폐업후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우 
     4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우
② 위 “1”은 법인의 합병, 분할, 현물출자, 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 것은 창업으로 보지 않는데, 다만, 합병 등에 의한 사업개시당시 사업용자산의 총가액 중 인수(또는 매입)한 종전자산의 가액이 30% 이하(조특령 제5조 제11항)이면 창업으로 본다는 것이다. 여기서 “사업용자산”이란 토지와 감가상각자산을 말한다(조특령 제5조 제10항).
③ 위 “2”는 개인기업의 법인 전환인 때 그 법인은 창업으로 보지 않는다는 것인바, 이 규정은 개인기업일 때의 업종과 동종의 업종으로 법인을 설립하는 때 창업으로 보지 않는다는 의미이므로 개인기업일 때와 다른 업종의 법인을 설립하는 것이면 이 규정이 적용되지 않고 창업이 된다(행자부, 행심제2004-145호, 2004. 6. 28).
④ 위 “3”은 폐업한 본인이 아닌 제3자가 다시 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우도 창업으로 볼 수 없겠다. 즉 다음과 같은 경우는 창업으로 볼 수 없을 것이다. 
     ○ 폐업한 기존공장을 경락취득하여 기존공장과 동종의 업종을 영위하는 경우 
     ○ 폐업한 기존공장을 임차하여 기존공장의 업종을 영위하는 경우 그러나 폐업전의 사업과 다른 업종을 영위하기 위하여 다시 사업을 개시하는 때는 폐업한 본인 또는 타인의 경우도 창업으로 볼 수 있겠다. 이상의 업종분류는 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 판단한다(중소기업창업지원법시행령 제2조 제2항).
⑤ 위 “4”는 이미 사업을 영위하고 있는 개인 또는 법인이 업종을 추가하는 때 그 추가하는 업종에 대하여 창업으로 보지 않는다는 의미이다. 그리고 기존의 사업장을 폐쇄하지 아니하고 업종을 변경하는 것도 창업으로 볼 수 없겠다. 그러나 기존의 법인이 다른 장소에 기존법인과 별개의 새로운 법인체를 설립하는 것은 창업으로 볼 수 있을 것이다. 그런데 개인사업자의 경우 기존사업장의 업종을 추가·확장하는 것이 아니고 기존 사업장과 다른 장소에 독립적인 별개의 사업을 개시하려는 것은 창업으로 볼 수 없다고 해석하였으나(중소기업청 창업 55477-447, 2000. 9. 7, 행자부 세정13407-567, 2001. 5. 26. 행자부, 행심 제2005-7호, 2005. 2. 3), 2005. 12. 13(행자부, 지방세정팀-42호) 해석에서 창업으로 보도록 수정하였다. 예컨대 호텔업을 영위하는 개인사업자가 다른 장소(과밀억제권역 이외의 장소)에 제조업을 영위하기 위하여 창업하는 경우 2005. 12. 13 부터는 이 규정상 창업으로 본다는 것이다.

※ 개인사업자의 업종추가 관련 “창업” 여부 
     1. 개인사업자가 기존사업을 영위하면서 다른 사업장에서 별도의 사업자등록을 하고 다른 사업을 개시하는 경우 ⇒ 창업 
     2. 개인사업자가 기존사업을 영위하면서 동일사업장에서 다른 사업을 개시하는 경우 ⇒ 업종추가
     3.  개인사업자가 동일사업자등록을 갖고 종목만을 추가하여 다른 사업장에서 다른 사업을 영위하는 경우 ⇒ 업종추가
또한 개인사업자인 거주자가 법인을 설립한다면 그 거주자가 경영하는 개인사업과 그 신설법인은 독립적인 주체가 되므로 개인사업자가 법인을 설립하는 것은 업종추가가 아닌 창업으로 보아야 할 것이다.

⑥ 그런데 이상의 규정은 창업에 해당하지 않는 범위를 규정한 것이지 창업일로부터 2년이내에 취득하는 부동산에 대하여 감면하지 않는다는 것이 아니므로 이미 기존의 사업이 창업중소기업에 해당한다면
○ 감면대상 업종을 추가하기 위하여 취득하는 부동산 또는
○ 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 감면대상인 동종의 사업을 영위하는 경우라 하여도 이를 취득하는 창업중소기업이 그 창업일로부터 2년이내에 취득하는 부동산에 해당한다면 이 규정은 적용할 여지없이 그 부동산 취득은 감면대상이라고 하겠다.

3. 지방세감면 범위

가. 취득세의 감면

창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 그 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 2년이내에 당해재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제한 세액을 추징한다.

1) 창업일
창업중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여 그 취득세와 등록세를 면제하는바, 여기서 “창업일”이란 중소기업창업지원법시행령 제3조에서 다음과 같이 규정하고 있으나, 
     1. 창업자가 법인인 경우에는 법인설립등기일 
     2. 창업자가 개인인 경우에는 부가가치세법 제5조제1항의 규정에 의한 사업개시일. 다만, 중소기업창업지원법 제21조의 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻어 사업을 개시하는 경우에는 부가가치세법 제5조제1항의 규정에 의한 사업자등록일
그런데 조특법에서는 개인사업자의 경우 “사업자등록증 교부일”을 창업일로 본다고 해석하는바(대법원97누4647, 1997. 10. 14, 국세청 소득46011-21099, 2000. 8. 28), 따라서 사업자등록증을 교부받기 전에 취득한 사업용재산은 감면대상이 아니라고 해석한다(행자부, 행심 제2003-94호, 2003. 4. 28). 그리고 법인은 법인설립등기일을 창업일로 보는바, 폐업하였다가 법인명칭변경 등 정관을 변경하여 사업을 계속하는 경우에도 당초 법인설립등기일을 창업일로 본다(행자부, 세정13407-165, 1999. 11. 17).

2) 취득세 면제범위

가) 창업일부터 2년 이내 취득
① 이상과 같은 창업중소기업이 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산을 감면대상으로 하는 때 그 2년의 기산일은 “창업일”이 되고 종기는 “취득일”이 된다. 여기서 “취득일”이란 지방세법시행령 제73조에서 규정한 취득의 시기를 의미한다고 보겠는 바, 예컨대 매매에 의한 취득은 잔금지급일과 등기이전일 중 빠른날, 건축물을 신축·증축에 의하여 취득하는 것은 사용승인서교부일(임시사용승인일과 사실상사용일 중 빠른날)이 창업일부터 2년이내이어야 감면대상이라는 것이다. 한편 연부취득의 경우는 계약금을 포함하여 매 연부대금을 지급한 때마다 독립적으로 취득의 시기가 성립하는 것이므로 창업일부터 2년이후에 지급되는 부분은 감면대상이 아닌 것이다. 그런데 행정자치부에서는 입법취지 등을 고려하고 건축을 위한 행정절차가 장기간 소요되는 등의 정당한 사유가 있으면 창업일부터 2년 이후에 취득의 시기가 성립한 경우도 감면대상이 된다고 해석한 바 있지만(행심제2000-631호, 2000. 8. 29) 이는 예외적인 해석으로 보인다. 즉 이 규정에서는 정당한 사유를 묻지 아니하며 특혜규정(감면)이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다는 대법원 판례를 들어 그 2년이 경과하면 그 사유가 정당한지 여부에 불문하고 감면해서는 안 된다는 뜻으로 해석(행자부, 행심 제2005-49호, 2005. 3 .3)하기도 하는데 필자도 이에 동의한다.
② 위와 같은 창업중소기업으로서 개인기업이 법인으로 전환하는 때를 보면 법인으로 전환하는 자체는 창업으로 볼 수 없으며, 전환되는 법인이 전환전 개인기업의 권리의무를 포괄 승계한다는 등의 규정이 없으므로 개인기업으로 사업을 영위한지 2년이 경과하기 전에 법인전환하는 경우 그 2년의 잔여기간이 전환하는 법인에게 연장 적용되지 않는다(감사원 감심제2002-134호, 2002. 8. 27). 그러나 개인기업의 법인전환에 따른 감면대상에 해당하면 개인기업의 사업용재산이 전환하는 법인에 이전하는데 따른 감면대상이 되는 것은 별개의 문제이다.

나) 사업용 재산의 범위
① 창업중소기업으로서 감면대상이 되는 “사업용재산”이란 당해 사업에 직접공여되는 모든 재산을 의미할 것인 바, 즉 취득세 과세대상 및 등록세과세대상이 되는 등기 등 모든 재산을 의미한다(1996년까지는 부동산만 해당). 예컨대 차량·건설기계·선박·항공기 등과 저당권·전세권 등의 등기가 당해 사업에 직접제공되는 것이면 감면대상이 되는 것이다.
② 그런데 여기서 “직접사용”의 개념이 문제가 되는바, 일반적으로 당해 사업의 사업장 구내(예 : 공장의 구내)에 설치된 공장·사무실·창고 등의 부속시설은 당해 사업에 직접 공여되는 것으로 보고 있으나 당해 사업장의 구외(예 : 공장의 구외)에 설치된 기숙사 등은 제외하는 것으로 행정자치부에서는 해석하고 있다. 물론 타인으로 하여금 사용케하는 것(임대용)은 구내 및 구외인 것에 불구하고 직접사용하는 것으로 보지 않는다. 이상에서 사업장의 구외에 설치한 기숙사 및 사택 등은 여전히 다툼의 대상이 되겠는데 공장이전에 따른 면제규정을 운영하는 것을 보면 사업용재산이란 사업본래의 목적수행을 위하여 필요불가결한 재산을 말하므로 종업원의 기숙사 등은 사업용재산이라고 볼 수 없다는 의견도 있지만 필자의 의견은 사업용재산이란 동 사업상 필요한 용도에 사용하는 재산이라는 해석이 가능하고 노동, 근로복지관계법령 등에서 후생복지 및 교육시설 설치를 강요하는 점 등으로 볼 때도 “사업용”을 “공장용”의 개념에서 생산에 직접 사용하는 것만으로 해석하는데는 문제가 있다고 하겠다. 지방세법상의 비과세·면제규정에 대한 대법원 판시에서도 기숙사 등을 비과세·면제대상에 포함하고 있음은 이 규정에도 준용될 수 있을 것으로 본다. 이와 관련하여 감사원 심사결정에서도 종업원의 기숙사는 사업용재산으로 보아야 한다는 뜻으로 해석하고 있다(감사원, 감심 제2001-145, 2001. 12. 11).

3) 추징 대상

가) 창업일로부터 2년 이내 미사용
① 창업중소기업이 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산이면 감면대상이 되지만, 다음의 경우는 감면한 취득세를 추징한다.
     ○ 취득일부터 2년이내에 정당한 사유 없이 
          - 당해 사업에 직접사용하지 않는 경우 
          - 다른 목적에 사용하는 경우 
          - 처분·임대하는 경우
② 이상을 볼 때 창업일부터 2년이내에 취득한 재산이면 일단 감면하였다가, 취득일부터 2년이 경과하는 시점에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 않으면 추징대상이라고 할 것이다.
③ 다음으로 정당한 사유 없이 취득일부터 2년이내에 직접사용하지 않거나, 정당한 사유 없이 매각 또는 타용도에 사용하면 추징한다는 것이므로 그 사유가 정당하다면 추징대상에서 제외된다고 할 것인바, 여기서 “정당한 사유”란 원칙적으로 법령에 의한 금지 또는 제한, 천재지변 등 당해 법인 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 말하는 것이지만, 법인내부의 사정으로는 당해 사업에 직접사용하려는 노력을 다했는지 여부 또는 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등이 함께 고려되어 인정되기도 하지만 대체로 법인 내부사정은 인정되지 않고 있는 추세이다.

나) 최초 사용일부터 2년간 사용하지 않을 때
① 2005. 1. 1부터는 최초 사용일부터 2년간 직접사용 하지 아니하고 다른 목적에 사용하거나 처분하는 경우에도 추징하도록 개정하였는바(등록세도 동일함), 이 개정규정은 동 개정법률 부칙 제2조 제6항의 규정에 의하여 2005. 1. 1이후 취득 또는 등기한 것부터 적용한다고 하겠다. 따라서 2004. 12. 31이전에 취득(등기)하여 감면된 경우는 위와 같은 사유로 추징할 수 없다(행자부, 세정 13407-678, 2001. 12. 18).
② 위에서 다른 목적으로 사용한다는 것은 당해 창업중소기업의 사업목적 이외의 목적으로 사용하는 것을 말하겠으므로 앞에서 본 감면대상이 되는 용도의 범위 내에서 사용용도가 변경되는 것은 이에 해당하지 않는다고 하겠다. 그리고 처분하는 경우란 임대의 경우도 포함되겠으며, 지방세법에서 매각이란 잔금을 수령하거나 소유권이전등기(접수일)를 의미하므로 최초 사용일부터 2년간 사용이라 할 때 잔금수령 또는 소유권이전이 2년이내의 기간 중이면 추징대상이 된다고 할 것이다. 그런데 다른 목적에 사용하는 경우도 추징한다는 규정에서 볼 때 최초 사용일부터 2년 이내인 잔금 수령전(등기 이전 전)에 명도하였거나 사용하지 아니하고 방치하고 있다면 그 날을 처분한날로 보아 추징대상이 된다고 하겠다.

다) 추징세액의 부과징수
위와 같은 사유로 추징대상이 되면 그 추징사유가 발생한 날부터 30일이내에 면제된 취득세와 등록세를 신고 및 납부하여야 한다. 만일 정당한 세액을 위 기한내에 신고 및 납부하지 아니하면 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 추가로 징수한다.

나. 등록세의 감면

1) 감면대상

가) 사업용재산에 관한 등기
① 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기는 그 등록세를 면제하며, 다만 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 등록세를 추징한다. 즉 등록세 면제대상도 동 규정(조특법 제119조 제3항 제1호)에서 “…창업일부터 2년이내에 취득하는…”이라고 하였으므로 결국 취득세 면제대상이면 등기일에 상관없이 등록세도 면제대상이라는 설명이 가능하지만, 행정자치부는 등록세의 납세의무는 등기일에 성립하므로 창업일부터 2년이내에 등기하여야 감면대상이라고 해석하는바, 따라서 창업중소기업이 사업용재산을 연부로 취득하고 그 소유권이전등기를 창업일부터 2년이후에 하였다면 감면대상이 아니라는 뜻으로 해석한다(세정-214, 2004. 1. 15).
② 한편 추징사유의 규정(조특법 제119조 제3항 본문 단서)에서는 “…등기일부터 2년이내에 정당한 사유 없이…”라고 규정하고 있으므로 이때는 등기일부터 기산하여 직접사용여부를 판단한다는데 이론이 없겠다.
③ 그리고 법문에서 “……사업용재산에 관한 등기”를 감면대상으로 하므로 반드시 소유권에 관한 등기만을 감면대상으로 하는 것이 아니고 당해 사업에 직접 제공되는 소유권 이외의 물권·전세권·저당권 등의 제한물권에 대한 등록세도 감면대상이 된다(행자부, 세정 13430-391, 1997.8. 21). 기타 감면대상이 되는 사업용 재산의 범위는 취득세와 다름없으므로 취득세 설명을 참조 바란다.

나) 법인설립등기
① 창업중소기업의 법인설립등기에 대한 등록세도 면제하는바, 따라서 법인설립 후 증자등기에 대해서는 면제하지 않는다(행자부, 세정13407-970, 1999. 7. 31).
② 그런데 감면대상 창업중소기업은 제조업 등 일정한 업종을 영위하기 위하여 창업하는 때 지방세를 감면하는바, 여기서의 문제는 창업중소기업에 해당하지만 감면대상업종과 감면대상이 아닌 업종을 겸영하기 위하여 창업하는 경우에 대한 규정이 없기 때문에 다툼이 예상되고 있다. 필자의 의견은 사업용재산을 등기한 후 2년이내에 당해 사업에 직접사용하지 않으면 추징한다는 규정에서 볼 때, 법인 설립등기에 대한 등록세는 개시대차대조표 등에서 사업용자산의 구성비에 의하여 설립자본금을 안분하여 감면대상과 과세대상으로 구분해서 감면대상업종에 해당한 부분만 감면하는 것이 합리적일 것으로 본다.

다) 추징 등
창업일의 개념 및 추징사유와 정당한 사유의 범위 등은 앞 취득세 설명과 다름없으며, 추징사유가 발생한 날부터 30일 이내에 신고 및 납부하는 방법과 가산세 적용기준 등이 취득세와 다름없으므로 취득세 설명을 참조 바란다. 다만, 취득세의 경우 신고기한 경과일부터 30일이 경과하기 전 과세권자가 보통징수를 위한 납세고지서 발부하기 전에 신고하면 신고불성실가산세의 50%를 공제하지만, 등록세의 경우는 신고기한내에 정당세액을 납부하면 신고하지 아니하더라도 신고불성실가산세를 징수하지 않는다.

다. 재산세의 감면

① 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 소유하는 사업용재산에 대하여는 창업일로부터 5년간 재산세를 50% 경감한다. (조특법 제121조) 다만, 토지의 경우는 대통령령이 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령이 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분에 한하여 감면한다. 위 단서 규정은 2005. 1. 1부터 개정시행하는바, 동 개정부칙 제2조 제6항에서 재산세의 개정규정은 2005. 1. 1이후 취득하는 분부터 적용한다는 뜻으로 규정하고 있으므로 위 단서 규정은 2005. 1. 1이후 취득한 토지에 대하여만 적용된다고 하겠다. 즉 2004. 12. 31이전에 취득한 토지부분은 종전 규정에 의하여 위 단서 규정을 적용하지 않는다는 의미이다.

② 그리고 법문에서(조특법 제121조) 다른 조건없이 “당해 사업에 직접 사용하는 사업용 재산”이라고만 하였으므로 과세기준일 현재 위와 같은 자산이라면 취득일에 불구하고 감면대상이 된다고 하겠으나 그 경감할 재산의 범위는 취득세 감면대상재산을 의미하겠다.

③ 그리고 창업중소기업의 경우는 창업일로부터 5년간 감면하는데 동 규정을 보면 “…창업일부터 5년간…”이라고 하였으므로 취득세·등록세의 경우는 창업일부터 2년이내에 취득한 경우 감면대상이지만 재산세와 종전 종합토지세는 창업일로부터 5년이내의 기간중에 소유하고 있는 재산, 즉 창업일로부터 2년 경과후에 취득한 재산에 대해서도 감면한다고 보겠으며, 다만 그 감면기간은 창업일로부터 기산하여 5년이내의 기간중이 되므로 경감기간(5년)중 취득한 재산은 잔여 감면기간 동안만 감면된다고 할 것이다.

④ 위와 같은 창업중소기업이 다른 중소기업과 통합을 함으로써 당해 사업용재산이 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인에게 양도되거나(조특법 제31조 적용), 개인 기업의 법인전환(현물출자 또는 사업의 양수도 : 조특법 제32조 적용)하는 경우는 통합(신설 등)후 잔존 감면기간에 대하여 감면하며(통합·설립 등 후 법인에 대한 감면), 이때에는 통합(설립 등) 전에 취득한 사업용재산에 한한다.

⑤ 이상의 감면기준은 매년의 과세기준일에 판정한다고 하겠다. 한편 법문에서 “재산세의 100분의 50” 상당한 세액을 감면한다고 하였기 때문에 비례세율을 적용하는 건물분 재산세는 별다른 문제가 없으나 토지분 재산세(종전 종합토지세)의 경우 분리과세대상이 되는 토지 이외는 종합합산 또는 별도합산대상으로서 가액의 크기에 의한 초과누진세율을 적용하므로 그 감면을 과세표준이 되는 시가표준액에서 감면하는 경우와 산출세액에서 감면하는 때 큰 차이가 있게 되는 바, 이와 관련하여 지방세법 제293조의 규정에서 과세표준액으로 감면한다는 뜻으로 규정하고 있다. 그리고 건축물(공장 포함)의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 부분은 종합합산대상으로 하고 기준면적 이내는 별도합산 대상이 되면서 그 적용세율이 달라지는데 조세특례제한법상 감면대상은 단순히 “당해 사업에 직접 사용하는 토지”를 대상으로 하므로 지방세법상 과표구분이 되는 것에 불구하고 직접 사용하는 토지는 모두 감면대상이 되지만 감면분을 제외한 과세분은 과표구분이 되어야 할 것이다.

<과표구분 및 감면 예시>
□ 전체 시가표준액 기준 면적 이내 8억원 … 별도합산대상 기준 면적 초과 2억원 … 종합합산대상 계 10억원
□ 감면 후 과세표준액 10억원 × 50%(감) = 5억원(과세과표)
   ○ 별도합산과세표준액 5억원 × 8/10 = 4억원 
   ○ 종합합산과세표준액 5억원 × 2/10 = 1억원

라. 농어촌특별세와 기타 지방

① 농어촌특별세에 대하여 보면 창업중소기업에 대해서는 농어촌특별세를 비과세한다. 따라서 조특법상 창업중소기업에 대하여 면제한 취득세 및 등록세에는 농어촌특별세를 부과하지 않는 것이다. 한편 산업단지내에 입주하는 공장에 대해서는 지방세법 제276조 제1항의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 전액 면제하는바, 산업단지내에 입주한 공장이 창업중소기업에 해당하면 결국 당해 창업중소기업에 대한 감면은 중복 적용하는 것이 된다. 이때는 납세의무자에게 유리한 것 하나만 적용하는 바, 그런데 양 규정 모두 취득세 및 등록세를 전액 면제하지만, 산업단지 입주공장에 대한 감면에 대해서는 농어촌특별세를 비과세하지 않는다. 따라서 위와 같은 경우 창업중소기업에 대한 조특법 상의 감면규정을 적용하는 것이 납세자에게 유리한 것이 된다.

② 지방교육세는 이 규정에 의하여 감면하지 않으나, 등록세에 부가 과세하는 지방교육세는 등록세가 면제됨으로써 결국 지방교육세도 면제되는 결과가 되고, 재산세에 부가 과세하는 지방교육세는 50% 감면한 재산세 세액을 과세표준으로 하여 과세하게 된다. 그러나 도시계획세, 공동시설세는 이 규정에 의하여 감면하지 않으므로 재산세가 50% 감면되는 것에 불구하고 전액 과세하게 된다.