조세심판원 결정사례
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> 판례,사례등 > 감면(지방세특례제한법)
  ① 처분청이 이 건 부동산에 대하여 추징한 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부 // ② 이 건 부동산을 청구법인의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부
관리자 2019-02-13 오전 10:32:30   조회:396
[결정요지]
① 청구법인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 행정안전부장관의 이 건 질의회신은 청구법인을 직접적인 당사자로 한 것이 아니라서 청구주장을 받아들이기 어려움.

② 청구법인은 이 건 부동산을 고유업무에 직접 사용했다고 주장하나, 청구법인은 이 건 부동산에서 조합원뿐만 아니라 불특정 다수에게 동일한 가격으로 공산품과 유류 등을 판매하고 있고, 이는 조합원의 복리후생 증진을 주된 목적으로 한 것이라고 보기는 무리가 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.
[관련법령]「지방세특례제한법」제14조 제1항
[참조결정]조심2014지2084

[주 문]
심판청구를 기각한다.

[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2012.1.30. OOO 지상에 주유소 건물(연면적 137㎡, 주유시설 6개 포함, 이하 "이 건 주유소"라 한다)을 증축하고, 2013.2.13. 같은 읍 OOO 외 2필지 토지를 취득하여 2013.12.10. 그 지상에 OOO 건물(이하 "이 건 OOO"라 하고, 이 건 주유소를 포함하여 이하 "이 건 부동산"이라 한다)을 신축한 후, 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따라 OOO이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 및 재산세 등을 각 면제받았다.

나. OOO는 처분청과 합동으로 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 이 건 부동산(이 건 OOO는 공산품 판매 면적을 안분한 부분임, 이하 같다)의 취득일부터 1년 이내에 그 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청에 그 추징할 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2017.9.18. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO과 이 건 부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 2013년도부터 2016년도분까지의 재산세 OOO 지역자원시설세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 각 부과․고지(이하 "이 건 처분"이라 한다)하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 행정안전부장관이 2010.8.16.과 2012.8.24. 지방자치단체에 통보한 질의회신(이하 "이 건 질의회신"이라 한다)은 ‘읍면지역 OOO 매장의 경우 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세 및 취득세를 면제하는 것이 타당’하다는 질의회신문 성격의 통보문서로서 이러한 형식을 통하여 각 OOO까지 자료를 하달한 것은 명백히 공적인 견해표명에 해당하고, 적어도 지방세 감면에 관한 행정안전부의 내부통보 내용이 그 독자적인 판단에 의한 것이 아니라는 점을 엿볼 수 있어 행정안전부장관에 의하여 이루어진 지방세 감면의 견해 표명은 이를 당해 과세권자의 그것과 마찬가지로 볼 여지가 충분하며, 또한 청구법인으로서는 위와 같은 정부의 행위에 대하여서는 보다 고도의 신뢰를 갖는 것이 일반적이므로 읍지역(OOO)에 소재한 이 건 부동산에 대하여 고유업무에 사용하지 않는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 처분으로서 부당하다.

(2) 청구법인이 당초 세무조사 시에 제출한 자료는 조합원이 정확하게 분류된 자료가 아니었고, 이미 행정안전부 지침과 OOO 정관에 의해 이용량 제한이 없음을 믿고 평상시 이용량 관리의 실익이 없는 것으로 판단하여 조합원 등재 작업을 정확하게 하지 못하였으며, 이용량이 취득세 등의 감면에 절대적인 기준 요건임을 알았다면, 처음부터 조합원 관리에 만전을 기하였을 것인데 그러지 못하였고, 처분청의 세무조사 이후에 작성된 이용자별 현황을 보면 당초 제출된 자료가 잘못된 자료였음이 확인되는바, 조합원 등재 시에 자연인의 경우 세대원도 조합원으로 적용되고(2012년의 경우 평균 세대원수는 2.41명), 지역에 소재하는 영농법인들(영농조합법인의 경우 최소구성원은 5명 이상임)도 조합원에 해당되며, 타지역OOO에 가입한 조합원(2012년의 경우 타지역OOO 가입조합원수는 11,640명)도 조합원에 해당됨에도 불구하고 처분청이 이러한 자료는 전혀 반영하지 아니하고 전체 이용량을 비조합원으로 하여 일률 적용한 것은 잘못이다.
처분청은 당초 조사 시에 이 건 주유소에 대한 조합원의 이용량은 2012년 44.1%, 2013년도 44.6%로 되어 있고, 차후 과세전적부심사 제출된 자료는 신빙성을 부여할 수 없다는 의견이나, 이는 과세권자의 통보 등을 받고 내부 행정직원들이 등록 조합원만을 기준으로 작성된 자료를 그대로 제출한 것인바, 취득세 감면규정을 조합원 이용량으로 판단하도록 하는 질의회신이 있었다면, 당 조합의 순수 조합원이외에도 그 가족, 관내 농업회사법인, 타 조합의 조합원도 조합원으로 구분 등록을 하였을 것이고, 조사과정에서 이용량에 의해 취득세 등을 추징하자 조합원의 범위를 명확히 적용하여 산출된 자료를 제출하게 된 것인데도 당초 조사당시와 다르다는 이유를 들어 신빙성을 부여할 수 없다고 부인하는 것은 부당하다.
또한, 처분청은 조합원과 비조합원의 여부에 따른 특별한 혜택이 없다는 의견이나, 조합원 등록자에게는 판매 시에 모든 조합원 이용실적을 관리해야 하기 때문에 별도 등록을 하였고, 조합원 이용에 따라 배당을 하고 있으며, 이 건 OOO의 이용량에 대한 자료는 당초 조사 시에 제출요구가 없어서 제출이 안되었던 상태였고, 이 건 주유소와 마찬가지로 순수 조합원 외에 그 가족, 관내 농업회사법인의 구성원, 타 조합의 조합원등을 다시 검증 작업을 하여 제출된 자료로서 그 이용량으로 보더라도 비조합원의 비율이 1/2을 초과하지 않으므로 이 건 처분은 부당하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견
(1) 행정안전부장관이 지방자치단체에 통보한 이 건 질의회신은 행정기관 내부의 기준을 제시한 것으로 대외적으로 직접적인 효과가 발생한다고 할 수 없고, 지방세 감면 및 추징은 「지방세특례제한법」의 규정에 따라 판단하여야 할 것인바, 위의 통보자료만으로 처분청이 이 건 OOO 및 주유소에 대하여 취득세 및 재산세를 감면한다는 공식적인 견해 표명이 있었다고 할 수 없고, 청구법인이 취득세 등이 부과되지 않으리라고 신뢰한 것에 귀책사유가 없다고 할 수 없으며, 더욱이 이 건 부동산의 취득행위는 청구법인의 사업계획에 따라 이루어진 것으로 이 건 질의회신을 신뢰하여 이에 따라 행위를 하였다고 볼 수도 없으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이 건 부동산의 취득목적과 관련하여, 종전(2005.7.15. 정관개정 이전)에는 조합원의 생필품 구매사업에 대해 비조합원의 이용이 1/3 이하로 제한되어 있어 이러한 시설이 조합원의 생활편익에 직접 기여하는 것으로 볼 수 있었으나, 이후 제한기준을 폐지하고 조합원 자격여부에 따른 특별한 혜택이나 제한 없이 불특정다수인을 상대로 사업을 영위하면서 사업규모를 대형화하여 OOO의 수익극대화에 중점을 두고 있는 시설은 사회통념상 그 취득목적이 조합원의 생활편익을 위한 것이라고는 보기 어려울 것이다.
이 건 OOO는 관내 OOO에 소재하고 있는 마트 중에서 규모가 제일 큰 대형마트로서 2016년 기준 연매출이 OOO에 달하는 대규모 판매시설인바, 그 이용 및 판매가격에 있어서 조합원과 비조합원간에 아무런 차별이 없고 불특정다수인이 자유롭게 이용하고 있는 일반 상업시설인 점, OOO에 대한 조합원 이용량과 관련하여 지방세 세무조사 당시 자료를 별도로 관리하지 않고 있어 제출받지 못한바, OOO의 2013년과 2014년의 인구 수(19세 이상) 및 세대수 대비 조합원수 자료현황에 따라 추산(대법원 1993.5.14. 선고 92누10630 판결에서 인정한 내용임)해 보면, 2013년말 인구수 대비 조합원은 23.1%이고 세대수 대비는 45.0%이며, 2014년말 인구수 대비는 23.0%이고 세대수 대비는 44.5%로 나타나고 있는 점, OOO 보고서 및 내부자료에서 OOO의 전체매출에 대한 성과자료는 강조되고 있으나 실질적으로 OOO의 목적사업과 밀접하게 관련 있는 조합원 이용에 대한 통계자료 및 조합원 편익증진 관련 보고자료는 없는 점 등을 고려하면 이 건 OOO는 OOO의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보기 어렵다.
이 건 주유소는 OOO의 4차선 도로 교차로에 위치하여 조합원과 비조합원간의 차별없이 불특정다수인이 자유롭게 이용하고 있는 일반 상업시설인 점, 이 건 주유소에 대한 조합원 이용량은 세무조사 당시 제출한 자료를 검토한 결과 2012년 44.1%, 2013년 44.6%로 나타나고 있는 점(준조합원 이용의 경우 OOO에 따라 조합원이 아닌 자에 해당되므로 비조합원 이용으로 분류함), 조합원의 생산 활동과 밀접하게 관련이 있는 면세유 판매비율은 전체 매출액 대비 13% 정도 수준에 불과하고, OOO 소재 주유소 중 면세유 판매소가 총 4개소가 있어 면세유 공급을 위해 OOO가 꼭 필요하다고 할 수도 없는 점 등을 고려하면, 이 건 주유소를 고유업무에 직접 사용하기 위한 것으로 보기는 어렵다.
한편, 청구법인은 과세전적부심사청구 자료에서 세무조사 당시 제출한 자료는 평상시 이용량 관리의 실익이 없는 것으로 판단하여 조합원이 정확하게 분류되지 않은 자료가 제출되었고, 사후에 조합원의 범위에 포함되는 조합원의 평균 세대원이 2.41명이고 영농법인의 최소구성원이 5명 이상인 점을 감안하고 타지역 OOO에 가입한 조합원 11,640명을 포함하여 재확인한 결과 이 건 OOO는 2014년 52.8%, 2015년 50.5%, 2016년 50.7%이고, 이 건 주유소는 2012년 55.4%, 2013년 58.5%라고 주장하나, 이는 전적으로 청구법인 단독으로 추계 작성한 자료로서 객관적인 신뢰성이 확보되었다고 보기 어려워 이를 근거로 삼을 수는 없다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 처분청이 이 건 부동산에 대하여 추징한 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
② 이 건 부동산을 청구법인의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등
- 농업협동조합법
제5조(최대봉사의 원칙)
① 조합과 중앙회는 그 업무에 있어서 조합원 또는 회원을 위하여 최대로 봉사하여야 한다.
② 조합과 중앙회는 일부 조합원 또는 일부 회원의 이익에 편중되는 업무를 하여서는 아니된다.
③ 조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다.
제13조(목적) OOO(이하 이 장에서 "OOO"이라 한다)은 조합원의 농업생산성을 제고하고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술, 자금 및 정보등을 제공함으로써 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위향상을 증대함을 목적으로 한다.
제57조(사업) ① OOO은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.
1. "생략" 2. 경제사업
가. 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급등의 사업
나. 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출등의 사업
다. 조합원이 생산한 농산물의 유통조절 및 비축사업
제58조(조합원의 사업이용) ① OOO은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있다. 다만, 제57조 제1항 제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목·사목·차목, 제3호 마목, 제5호 가목·나목, 제7호 및 제10호의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다.

제141조(비조합원의 사업이용)
① 조합은 조합원이 이용하는 데에 지장이 없는 범위에서 조합원이 아닌 자에게 제5조에 따른 사업을 이용하게 할 수 있다.
② 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우에는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 2분의 1을 초과할 수 없다. 다만 제5조 제1항 제1호, 제2호 가목(농업인의 경우에 한한다)·나목·바목부터 차목까지, 제3호 다목부터 아목까지, 제4호, 제5호, 제7호, 제10호의 사업 및 그에 부대하는 업무에 있어서는 그 이용량을 제한하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인은 OOO에 주된 사무소를 두고 있는 OOO으로 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술·자금·자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위를 향상시키는 것을 목적사업으로 하고 있다.

(나) OOO와 처분청은 청구법인에 대한 합동세무조사를 실시하여 이 건 부동산의 취득 목적과 실제 사용관계를 검토한 결과, 2005.7.15. 이전에는 비조합원의 이용을 1/3 이하로 제한하고 있었으나 이후 제한기준을 폐지함에 따라 불특정다수인을 상대로 한 일반 상업시설과 다름이 없이 이윤추구를 위해 운영되고 있는 것으로 보았는바, 조합원 이용량과 관련하여 이 건 OOO는 조사 당시 자료를 별도로 관리하지 않고 있어 제출받지 못하였고, 이 건 주유소는 조합원 이용량이 아래와 같이 2012년도 44.1%, 2013년도 44.6%로 확인되었다.
(다) 이에 반하여 청구법인이 과세전적부심사청구 시 제출한 이용량 자료는 아래와 같다.

(라) 행정안전부장관은 2010.8.16. 각 지방자치단체에 「친서민 관련 지방세 지원 세부추진계획」을 통보하였는바, 그 내용은 OOO의 공산품 매장은 조합원의 실제 이용현황에 따라 목적사업 해당여부를 판단하되, 도시지역과 읍면지역을 구분하여 읍면지역의 경우 고유목적에 직접 사용(OOO은 일반적으로 읍면에 기반을 두고 경제적·사회적 열위 계층인 농민의 권익 보호를 취지로 설립·운영)하는 것으로 보아 재산세를 면제하는 것이었고, 2012.8.24. 「읍면지역 OOO 매장 취득세 면제여부에 대한 질의회신」에서 취득세도 같은 취지에서 면제하는 것으로 통보하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 보면, 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결, 같은 뜻임)이고, 이 때 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정된다 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)인바, 행정안전부장관의 이 건 질의회신이 행정기관의 내부를 구속하는 효과는 있다 하더라도 대외적인 효과가 있는 것으로 보기는 어렵고, 그 내용 또한 행정기관에 대하여 한 일반론적인 견해 표명에 불과하며, 특히, 처분청이 청구법인의 이 건 부동산에 대하여 취득세 등의 감면대상에 해당한다는 것을 직접 통보한 것도 아니어서 이 건 질의회신만을 근거로 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다(조심 2014지2084, 2015.6.17., 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보면, 「농업협동조합법」제5조 제3항에서 조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있고, 같은 법 제57조 제1항 제2호 가목에서 OOO은 그 목적을 달성하기 위하여 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·공급 등의 사업을 수행한다고 규정하고 있으며, 제58조 제1항 및 청구법인의 정관 제141조 제2항에서 OOO은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위 안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 하되, 조합원의 생활에 필요한 물자의 판매사업의 경우 비조합원(비농업인)의 사업 이용량은 1회계연도 사업량의 2분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있는바, 청구법인은 이 건 부동산에서 조합원과 비조합원간에 차별이 없이 불특정 다수에게 동일한 가격으로 공산품과 유류 등을 판매하고 있어 이러한 행위를 조합원의 복리후생 증진만을 위한 것으로 보기 어려운 점, 이 건 OOO의 경우 처분청의 세무조사 당시 청구법인이 조합원 매출 내역을 별도 관리하지 않은 것으로 확인되는 반면, 과세전적부심사청구 당시 제출한 이용자별 현황 자료는 세대원의 조합원 포함여부 등과 같이 그 산정방식에 다툼이 있고, 그 또한 2014년 이후의 매출자료에 불과하여 이를 그대로 받아들이기 어려운 점, 이 건 주유소의 경우 2012년과 2013년의 조합원 매출액 비율이 44.11%, 44.66%에 불과하고, 특히, 조합원의 생산활동과 밀접한 관련이 있는 면세유 판매비율이 전체 매출액 대비 13% 이하에 불과한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 이 건 부동산을 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵다 하겠으므로 결국 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
 
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