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지점 설치에 따른 등록세 중과세 대상 및 제외 대상
행자부 제 2002-333호, 2002.09.30.
이 사건 부동산 소재지에 지점설치 등기를 하고 관할세무서장으로부터 사업자등록증을 교부받았으며,
업종을 추가하여 사업자등록증을 재교부받은 사실과 청구인이 제출한 직원급여대장에서도 이 사건
부동산 1층 사무실에 근무하는 직원으로 8명이 등재되어 있는 사실 등으로 미루어 청구인의 본점에
서 임대관련 업무를 처리하면서 지정관리 업무를 담당하는 직원의 급여를 지급하고 근로소득에 대한
소득세와 소득할주민세를 징수하여 본점 주소지에 신고납부하고 있다 할지라도 이 사건 부동산 1층
에 설치된 사무실은 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소라 할 것
이므로 이 사건 부동산 1층에 설치된 사무실은 독립된 지점이라 할 것이어서 중과세대상이나 노외주
차장을 직접 운영하고 있는 것이 확인되는 이상 이 부분은 중과제외대상에 해당됨.
【주문】
처분청에서 2002.5.8. 청구인에게 부과고지한 등록세 191,312,040원, 교육세 35,073,870원, 합계
226,385,910원(가산세 포함)을 등록세 68,872,330원, 교육세 12,626,590원, 합계 81,498,920원으로 경정한
다.
【이유】
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 2001.12.21. ○○도 ○○시 ○○동 525번지 대지 1,535.36㎡ 및 건축물 8,949.41㎡
(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하여 2001.12.27. 소유권이전등기를 한 후 이 사건 부동산
1층에 2002.1.15. 지점설치등기와 2002.1.18. 사업자등록을 한 다음 사무실을 설치하여 사용하고 있으
므로 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시 내에서의 법인의 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되
는 것으로 보아 그 취득가액(2,657,111,720원)에 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세
액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 191,312,040원, 교육세 35,073,870원, 합계 226,385,910원(가
산세 포함)을 2002.5.8. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 첫째, 이 사건 부동산에 청구인의 지점등기 및 사업자등록을 하였지만 이 사건 부동산 1층
에 설치된 사무실에는 본점과의 연락 등 단순관리 업무만을 수행하는 직원이 있을 뿐, 청구인의 본점
에서 임대관련 업무를 처리하면서 지점관리 업무를 담당하는 모든 직원의 급여를 지급하고 근로소득
에 대한 소득세 및 소득할주민세를 징수하여 본점 주소지에 신고납부하고 있으므로 독립적으로 업무
를 수행하는 지점으로 볼 수 없으며, 둘째, 설사 이 사건 부동산 1층에 설치된 사무실이 등록세중과
세 대상이 되는 지점에 해당된다 할지라도 이 사건 부동산중 청구인이 노외주차장으로 사용하고 있
는 부분은 등록세중과세 제외업종에 해당된다고 주장하면서 이 부분에 대한 등록세의 취소를 요구하
고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시 내에서의 법인의 지점설치에 따른
부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는
그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 다만, 수도권정비계획법
제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단
지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다) 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서
대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시 내에서
의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는
분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기라고 규정하고 있고,
지방세법시행령 제101조제1항에서 제138조제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이라 함은
다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 규정한 다음 그 제3호에서 사회간접자본시설에대한민간투자
법 제2조제2호의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(동법 제2조제8호의 규정에 의한 부대사업을 포
함한다)이라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인
의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무
소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(………중
략………) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(………중략………)를 말하며 “그 설립·설치·전입
이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무
용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하며………(중략)………”지점
등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법시행
규칙 제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라
함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세
법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설
비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 한편, 사회간접
자본시설에대한민간투자법 제2조제1호에서 “사회간접자본시설”이라 함은 각종 생산활동의 기반이
되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 기반이
되는 시설로서 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다고 규정하면서 그 어목에서 주차장법 제2조
제1호 나목의 규정에 의한 노외주차장을 규정한 다음 그 제2호에서 “사회간접자본시설사업”이라
함은 사회간접자본시설의 신설·증설·개량 또는 운영에 관한 사업을 말한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 취득등기한 후 이 사건 부동산
1층에 지점설치등기와 사업자등록을 한 다음 사무실을 설치하여 사용하고 있으므로 이 사건 부동산
에 대한 등기를 대도시 내에서의 법인의 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한
사실은 제출된 관계증빙자료에 의하여 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 먼저 이 사건 부동산에 지점설치등기 및 사업자등록을 하였지만 이 사건 부동
산 1층에 설치된 사무실에는 본점과의 연락과 단순관리 업무만을 수행하는 직원이 있을 뿐 청구인의
본점에서 임대관련 업무를 처리하면서 지점관리 업무를 담당하는 직원의 급여를 지급하고 근로소득
에 대한 소득세 및 소득할주민세를 징수하여 본점주소지에 신고납부하고 있으므로 이 사건 부동산 1
층에 설치된 사무실은 독립적으로 업무를 수행하는 지점으로 볼 수 없다고 주장하고 있으므로 이에
대하여 보면, 청구인은 2001.12.21. 이 사건 부동산을 취득하고 2001.1.27. 소유권이전등기를 한 후 이
사건 부동산 소재지에 2002.1.15. 지점설치 등기와 2002.1.18. ○○세무서장으로부터 사업자등록증을
교부받고 같은 해 1.29. 담배판매업·부동산임대업·주차장 및 목욕탕운영업 등의 업종을 추가하여
사업자등록증을 재교부받았으며, 2002.1.17. 처분청 세무담당공무원의 출장복명서에 의하면 이 사건
부동산 1층에 설치된 사무실에는 대표전화(796-XXXX)를 설치하고 맹○○(부사장 겸 ○○사업장 대
표) 외 5명(김○○(이사), 장○○(소장), 양○○(경리), 박○○ 및 이○○(주차관리)이 근무한 사실이
확인되고 있으며, 2002.3.21. 출장복명서에서도 청구인이 주차장 및 2층 골프연습장과 7층 목욕탕에
청구외 김○○(1층 주차관리실 근무, 입·출고 차량관리 및 주차요금정산), 정○○ 및 박○○(골프연
습장 근무 및 관리), 박○○ 및 장○○(목욕탕 근무, 관리 및 요금정산) 등의 직원을 두고 이를 직접
운영하고 있는 사실이 확인되고 있을 뿐만 아니라 2002.2.7. 청구인의 직원 양○○가 제출한 2002.1.분
직원급여대장에서도 박○○ 등 8명이 이 사건 부동산 1층 사무실에 근무하는 직원으로 등재되어 있
는 사실 등으로 미루어 청구인의 본점에서 임대관련 업무를 처리하면서 지점관리업무를 담당하는 직
원의 급여를 지급하고 근로소득에 대한 소득세와 소득할주민세를 징수하여 본점주소지에 신고납부하
고 있다 할지라도 이 사건 부동산 1층에 설치된 사무실은 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무
또는 사업이 행하여지는 장소라 할 것이므로 이 사건 부동산 1층에 설치된 사무실이 독립된 지점이
아니라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.
다음으로 이 사건 부동산 중 청구인이 노외주차장으로 사용하고 있는 부분은 등록세중과세 제외업종
에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인은 이 사건 부동산을 전소유자인 청구외
주○○이 이 사건 부동산에서 운영하고 있던 모든 사업과 함께 2001.12.1. 사업양수도계약에 의하여
포괄적으로 양수받은 후 노외주차장을 청구인이 직접 운영하고 있는 사실이 처분청 세무공무원의
2002.1.17. 및 2002.3.21. 출장복명서에서 확인되고 있으며 2002.6.25.에는 노외주차장명의를 청구인명의
로 변경신고한 사실이 처분청 공문서(도로91110-22421호)에서 확인되고 있으므로 이 사건 부동산 중
노외주차장으로 사용되는 건축물면적 5,727.35㎡와 그 부속토지 982.63㎡는 등록세를 중과세대상에서
제외하여야 할 것이라 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주
문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
