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학교법인이 증여받은 부동산의 등록세 과세표준 및 세율(행자부 제2000-877호, 2000.12.26)
<주 문>
청구인의 이건 심사청구 중 취득세부분에 대한 심사청구를 각하하고, 처분청이 2000.3.15. 청
구인에게 부과고지한 등록세 806,290원, 교육세 147,810원, 합계 954,100원(가산세 포함)을 등
록세 358,350원, 교육세 78,830원, 합계 508,850원(가산세 포함)으로 경정한다.
<이 유>
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1996.11.12. ○○광역시 ○구 ○동 61-2번지 상가건물 5층부분 143.88㎡
및 그 부속토지 101.16㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 증여취득하여 1996.11.15. 이전
등기하였으므로, 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 법인장부에 수익용기본재산으로 등재하
고 수익사업용으로 사용하고 있으므로 비과세대상이 아니라고 보아, 이건 부동산의 시가표
준액(44,794,224원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제2호(1,000분의 15)의 세율
을 적용하여 산출한 취득세 1,075,550원, 농어촌특별세 98,530원, 합계 1,173,580원(가산세 포
함)을 2000.1.12.에, 등록세 806,290원, 교육세 147,810원, 합계 954,100원(가산세 포함)을
2000.3.15.에 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 이건 취득세 등 부과처분의 경정을 구하면서 그 이유로, 청구인은 이건 부동산을
임대하여 수익사업용으로 사용하고 있는 데 대하여 취득세 등 과세대상임을 인정하면서, 과
세표준 44,794,224원은 과다하게 산정된 것이므로 주변시가에 알맞는 23,000,000원으로 경정
되어야 한다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이건 심사청구는 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지 여
부에 관한 다툼이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 구지방세법 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항 제1호, 같은법시
행령 제78조의 2 제2항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는
자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(법 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대
상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일
(등기일)로부터 3년 내에 그 사업에 사용하지 아니하는 부동산에 대하여는 비과세한 취득세
등을 추징하도록 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1996.11.12. 이건 부동산을 청구외 박○국으로부터
증여취득한 후, 수익용기본재산으로 등재하여 관리하면서 ○○○만민교회 담임목사 최○진
에게 임대하고 있으므로, 처분청은 이건 부동산을 수익사업에 사용하는 부동산으로 보아, 비
과세한 취득세 및 등록세를 부과고지하였으며, 이에 대하여 청구인은 이건 부동산의 과세표
준액이 주변시가보다 높게 산정되었다고 주장하고 있다.
살피건대, 첫째로 이건 심사청구 중 취득세부분에 대하여 보면, 지방세법 제74조 제1항에서
지방세부과처분에 대하여 심사청구를 하고자 할 경우에는 이의신청결정통지를 받은 날부터
90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장·군수의 결정에 대하여는
도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하도록 규정하고 있으나, 청구인의 경우
는 이건 취득세부분에 대한 이의신청결정통지를 2000.5.13.에 ○○광역시장으로부터 통보받
은 후, 157일만인 2000.10.20.에 심사청구서를 제출하였으므로 본안심의대상이 될 수 없는 것
이라 하겠다.
둘째로 이건 부동산의 과세표준액이 높게 산정되었다는 주장에 대하여 보면, 이건 부동산에
대한 과세표준은 지방세법 제111조, 제130조 및 지방세법시행령 제80조 제1항, 제80조의 2
및 지방세법시행규칙 제40조의 5 제1호 및 ○○광역시시세조례 제22조, 제28조의 규정에 의
하여 토지의 경우는 1996년도 개별공시지가에 ○○광역시 ○구청장이 결정고시한 과세표준
액적용비율을 곱하여 산정한 시가표준액이고, 건물의 경우는 매년 조례로써 정하는 날을 기
준으로 ○○광역시장의 승인을 얻어 ○구청장이 결정한 시가표준액으로서 1996.1.1.부터 적
용하는 시가표준액을 적용하여 산정한 것이므로, 처분청이 이건 등록세 등을 추징하면서
1996년도 시가표준액을 적용산정한 가액을 과세표준액으로 하여 부과고지한 처분은 아무런
잘못이 없다 하겠으나, 청구인은 지방세법시행령 제79조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 비
영리사업자로서 이건 부동산을 무상으로 증여받아 취득하였으므로, 지방세법 제131조 제1항
제2호 단서규정에 의하여 등록세의 세율을 1,000분의 8을 적용하여야 함에도, 처분청이 등록
세의 세율을 1,000분의 15로 적용하여 이건 등록세 등을 부과고지하였음은 잘못이라 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 처분청이 등록세의 세율을 잘못 적용하였
으므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
