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과점주주 취득세를 비과세.감면하여야 할 신뢰보호원칙이 적용여부
가. 사실관계
○○주식회사는 당초 ○○시 ○○동 250번지에서 알루미늄 압연을 주종목으로 생산해온 △△주식회사로 운영하여 왔으나, IMF 금융구제하의 경제적 어려움을 극복하고 지역경제 활성화를 도모하기 위하여 지역민과의 적극적인 노력으로 1999. 09. 01 ○○○외 14인의 출자로 ○○주식회사를 설립하였으며, 그 후 외국인의 투자유치 촉진으로 캐나다 법인 A가 1999. 09. 30. 유상증자(외국인 투자비율 56.01%) 후 2000. 05. 09 제3자 배정 유상증자(19.11%)를 함에 따라 총 발행 주식의 75.12%의 지분을 소유하게 됨.
나. 질의요지
대법원 판례99두6897(2001. 01. 30)에 의하면 「당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라 할 것이다」라고 비과세 감면대상을 불인정함에 따라 조세감면기간중인 2000. 05. 09 외국인 투자자 A가 제3자 배정 유상증자한 증가분(19.11%)에 대해서는 과세관청에 비과세·감면결정 받은바 없으므로 과점주주에 대한 납세의무가 있다는 견해와, 조세감면 기간 중에 있는 외국인 투자기업의 과점주주가 증자등기로 과점비율이 증가된 경우라면 행정자치부의 유권해석이 있기 이전에 이미 증가된 사항이므로 구법적용을 받을뿐더러 신뢰보호의 원칙에 따라 과세 할 수 없다는 견해가 있어 질의합니다.
다. 의견
1) 갑설 : 과점주주의 취득세 과세대상임
구 지방세법(2000. 12. 29) 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항 단서 규정의 ‘취득세가 비과세 또는 감면되는 경우’라 함은 과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당되는 경우라 할 것이므로 당해 법인이 부동산을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라 할 것(대법원 99두6897 판결 2001. 1. 30)인바, 위 판결 이전 유상증자(2000. 5. 9)로 납세의무가 성립된 부분에 대해서는 과세관청에 과점주주에 대한 취득세를 비과세·감면결정 받은바 없으므로 과점주주의 취득세는 과세대상임.
2) 을설 : 과점주주의 취득세 비과세·감면대상임
조세감면 기간중에 있는 외국투자기업의 과점주주(56.01%)가 2000. 5. 9에 증자(19.11%) 등기로 총 발행주식에 75.12%의 지분을 소유한 후 취득세 납세의무의 유무를 질의하여 “외국인 투자자가 과점주주가 된 당시 그 감면기간이 경과하지 아니하였다면 지방세법 제105조 제6항 단서조항의 취지에 따라 과점주주의 외국인 투자분에 대한 취득세는 감면대상이 됨“을 회신(행정자치부 세정13407-734, 2000. 6. 10) 받았고,
당해 법인이 취득세를 비과세·감면 받았다하여 당해 과점주주도 당연히 취득세가 비과세 되지 않는다는 행정자치부의 과점주주에 대한 주요쟁점사항별 운용요령(2001. 10. 4) 및 대법원판례(99두 6897. 2001. 1. 30)의 내용은 국세기본법 제18조의 규정에 의거 해석변경일 이후에만 적용되는 것이 타당하므로 해석변경일 이전에 증자로 인한 과점주주 취득세 납세의무가 성립된 경우에는 과점주주 취득세를 비과세·감면하여야 할 신뢰보호원칙이 적용되어 비과세·감면 대상임.
[세정-1072, 2003. 9. 5]
귀문의 경우 조세감면기간 중에 있는 외국인투자법인이 증자로 인하여 과점주주비 율이 증가한 경우라면 『당해 법인이 취득세를 비과세·감면 받았다하여 당해 과점주 주도 당연히 취득세가 비과세·감면되지 않는다』는 우리 부의 과점주주에 대한 주요 쟁점사항별운용요령(2001. 10. 4) 및 대법원판례(99두6897, 2001. 1. 30)의 내용은 국세기본법 제18조 규정에 의거 해석변경일 이후에만 적용되는 것이 타당하므로 해석변경일 이전에 증자로 인한 과점주주 취득세 납세의무가 성립된 경우로서 이 건에 대한 우리 부의 유권해석(행자부 세정13407-734, 2001, 6. 10)을 받았으므로 과점주주 비율증가일 현재 조세감면 기간 중에 있는 취득세 과세대상물건에 대하여는 과점주주 취득세를 비과세하여야 할 신뢰보호의 원칙이 적용되어야 할 것으로 사료됨을 알려드립니다.
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