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조심2023지5596(20240314) 농어촌특별세취소
쟁점규정에 따른 취득세 중과세율 배제는 취득세 감면에 해당하지 아니하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
결정요지
처분청이 쟁점건축물의 취득에 대하여 대도시 중과배제를 적용함에 따라 경감된 취득세액이 농어촌특별세 과세대상임을 전제로 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
참조조문 지방세특례제한법 제180조
참조결정 조심2020지1267
주문
서울특별시 중구청장이 2023.10.13. 청구법인에게 한 농어촌특별세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제229조 제2호에 따라 설립된 부동산집합투자기구로서, 2023.6.1. 서울특별시 중구 OOO 및 같은 구 OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매수하여 취득하고, OOO원을 과세표준으로 하고「지방세특례제한법」제180조의2 제1항 제2호(지방세 중과세율 적용 배제 특례규정으로, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 「지방세법」제13조 제2항이 규정하고 있는 중과세율의 적용을 배제하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부한 후, 2023.6.16. 쟁점규정 적용에 따라 중과세율 적용이 배제된 결과 감소된 취득세 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세 OOO원(이하 “쟁점농특세”라 한다)을 수정신고·납부하였다.
나. 청구법인은 2023.8.24. 쟁점규정에 적용에 따라 감소된 취득세는 「농어촌특별세법」 제2조 제1항이 규정하고 있는 “감면”을 받은 세액에 해당하지 않는다는 이유로 기 납부한 쟁점농특세를 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.10.13. 이를 거부하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 취득세 감면으로 인한 농어촌특별세의 납세의무가 성립하기 위해서는 법문언상 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서 정하는 ① 취득세가 부과되지 않거나 경감됨, 그리고 ② 비과세‧세액면제‧세액감면‧세액공제 또는 소득공제에 해당될 것이라는 두 가지 요건 모두가 필요한데, 쟁점규정에 따른 중과배제는 위 ②의 ‘세액감면’ 등에 해당하지 않고 세액감면 외의 다른 항목에는 그 의미상 해당될 여지조차 없다.
또한, “세액감면”은 과세표준에 세율을 곱하여 계산된 세액에 사후적으로 일정 비율을 적용하여 감해주는 것인데, 중과세율 적용배제는 사전적으로 세율 적용 단계에서 표준세율을 적용하는 것이므로 양자는 완전히 다르다.
더욱이, 「농어촌특별세법」제2조 제1항 제2호 및 제3호에서는 세액이 감소하는 경제적 효과가 있음에도 세액감면 등에는 해당하지 아니하는 ‘특례세율의 적용’ 대상을 농어촌특별세 과세대상으로 포섭하기 위하여 별도로 「농어촌특별세법」상 ‘감면’의 범위에 포함하고 있는데, 「지방세법」의 경우 제15조 제1항의 취득세 특례세율의 적용 외에는 「농어촌특별세법」상 ‘감면’의 범위에 포함되는 대상이 없으므로, 세액감면 등에 해당하지 않는 쟁점규정의 적용은 「농어촌특별세법」상 ‘감면’에 해당한다고 보기도 어렵다.
(2) 기획재정부, 행정안전부 및 국세청은 모두 중과세율의 배제가 농어촌특별세의 과세대상이 아니라는 입장이며, 농어촌특별세 소관부처인 기획재정부는 쟁점규정이 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후에도 여전히 농어촌특별세 과세대상이 아니라는 입장(기획재정부 조세특례제도과-710, 2022.10.18.)을 유지하고 있다.
또한, 현행 쟁점규정과 같은 방식(중과세율의 배제만 규정하는 경우)으로 규정된 구「조세특례제한법」제119조 제6항(현 쟁점규정 제2항)의 ‘기업구조조정투자회사 등의 설립등기에 대한 등록면허세의 중과세율의 배제규정’ 적용시에도 실무상 농어촌특별세를 과세하지 않고 있는데, 이는 중과세율의 배제규정 자체가 「농어촌특별세법」상 ‘감면’이 아니므로 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 않는다고 본 것이고(해당 소관부처인 기획재정부 유권해석의 입장과 동일), 해당 조문이 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후라 하더라도 그 과세대상 해당여부에 대한 입장이 달라질 것은 없다.
나. 처분청 의견
(1) 최근 심리불속행 기각으로 확정된 대법원 2023.3.16. 선고 2022두66125 판결(이하 “선행판결”이라 한다)에서는 농어촌특별세가 직접적으로 판시 내용에 특정된 것은 아니지만, 쟁점규정 역시 “감면”에 해당된다고 본 바, 이 건에서도 명확한 선결정례는 없지만 위 대법원 판결의 취지가 준용될 수 있다.
(2) 또한 조세심판원 역시 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에 ‘지방세특례’를 세율의 경감, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함)로 각각 규정하고 있고 이들은 모두 납세자가 납부하여야 하는 세액을 감소시키는 것으로 모두 감면에 해당된다고 볼 수 있다고 판단하여(조심 2020지1267, 2021.3.29.) 해당 규정을 감면으로 보고 있다. 따라서 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율 배제가 지방세 감면에 해당하지 않는다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점규정에 따른 취득세 중과세율 배제는 취득세 감면에 해당하지 아니하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.
(가) 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제229조 제2호에 따라 설립된 부동산집합투자기구이다.
(나) 청구법인은 2023.6.12. OOO으로부터 쟁점부동산을 매매가액 OOO원에 취득하였다.
(다) 청구법인은 같은 날 위 매입금액에 관련 비용 및 운용사 매입보수를 합한 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점규정에 따라 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였는데, 2023.6.16. 쟁점규정 적용에 따라 중과세율 적용이 배제된 결과 감소된 취득세 OOO원을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 쟁점농특세를 추가로 수정신고·납부하였다.
(라) 청구법인은 2023.8.24. 쟁점규정에 적용에 따라 감소된 취득세 OOO원은 「농어촌특별세법」 제2조 제1항이 규정하고 있는 “감면”을 받은 세액에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점농특세를 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.10.13. 이를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 선행판결에서 쟁점규정 역시 감면에 해당한다고 판단하였는바, 위 선행판결 취지에 따르면 청구법인이 쟁점규정에 따라 중과세율 적용이 배제된 부분 역시 농어촌특별세 과세대상인 「농어촌특별세법」 제2조 제1항에 따른 “감면”에 해당한다는 의견이다.
그러나, 다음과 같은 사정을 종합하면 쟁점규정은 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서 정의하는 ‘감면’에 해당하지 아니함에도 농어촌특별세 과세대상으로 보아 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결).
「농어촌특별세법」제2조 제1항에서는 농어촌특별세법상 과세대상이 되는 “감면”에 대하여 ① 「지방세특례제한법」 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 ② 비과세‧세액면제‧세액감면‧세액공제 또는 소득공제에 해당하거나 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 것이라고 정함으로써 그 대상에 대하여 열거하고 있는바, 위 정의규정에 비추어 쟁점규정이 「농어촌특별세법」상 과세대상인 ‘감면’에 해당하려면 쟁점규정의 적용으로 취득세가 경감되는 것뿐만 아니라 그 경감의 방식이 세액감면 등 열거된 방식이거나 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율 적용대상에 해당하여야 할 것이다.
(나) 처분청은 쟁점규정이 「농어촌특별세법」제2조 제1항 제1호에서 정하는 ‘세액감면’에 해당한다는 의견이나, 지방세관계법상 세액감면에 대한 정의가 따로 규정되어 있지 않더라도 세액감면은 통상적으로 과세표준에 세율을 곱하여 세액을 산출한 이후 지방세관계법에 따른 감면규정을 적용하여 그 세액의 일부나 전부를 경감하는 방식을 말한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 세액산출 이전에 세율의 적용에 관한 사안인 ‘중과세율의 배제’가 ‘세액감면’의 범주에 포함된다고 보기는 어렵다. 처분청이 원용하는 선행판결에서도 현행 쟁점규정은 중과세율 적용 배제만 규정하였을 뿐 세액감면은 전혀 규정하지 않았다고 설시하고 있는바 ‘세액감면’과 ‘중과세율의 배제’는 구분되는 의미로 보인다.
(다) 「농어촌특별세법」의 개정연혁을 보더라도 「농어촌특별세법」에서 쟁점규정을 과세대상으로 삼는 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 동 규정을 그대로 농어촌특별세법의 과세대상인 ‘감면’으로 볼 수는 없다고 판단된다.
2011.1.1. 구 취득세와 구 등록세의 세목간 통합을 주요 골자로 전부개정된 「지방세법」제11조에서는 부동산 취득에 대한 표준세율을, 제13조에서는 대도시 내 부동산 취득에 대한 중과세율을 규정하였고, 제15조에서는 표준세율보다 낮은 세율을 적용하는 ‘세율의 특례’를 신설・도입하였다.
당시「농어촌특별세법」에서는 제2조 제1항 제3호에 ‘「지방세법」제15조 제1항의 세율의 특례 적용대상’을 농어촌특별세법상 ‘감면’에 새로이 규정하였는데, 이는 구「지방세법」당시 농어촌특별세 과세대상이었던 구「지방세법」제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세)를 「지방세법」제15조 제1항에서 규정하게 됨에 따라 개정규정을 농어촌특별세 과세대상으로 새로이 포섭할 필요가 있었기에 이를 「농어촌특별세법」제2조의 정의 규정에 추가・신설한 것으로 보인다.
이러한 개정연혁에 비추어 볼 때 「농어촌특별세법」은 지방세관계법의 개정으로 농어촌특별세의 과세에 영향을 미치는 사안에 대해서는 이를 적절히 반영하여 개정한 것으로 보이고, 쟁점규정에 의하여 경감된 세액을 농어촌특별세 과세대상으로 삼고자 하였다면 별도의 규정을 두어야 함이 「농어촌특별세법」의 법률체계상 타당해 보이나, 2011.1.1. 「지방세법」의 분법‧「지방세특례제한법」의 신설과 그에 따른 ‘지방세 특례’의 정의규정의 도입시 쟁점규정과 관련한 개정사항이 없는 것으로 확인되고, 2014.12.31. 쟁점규정이 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관될 당시에도 감면규정 일몰에 따라 감면규정을 농어촌특별세 비과세 규정에서 삭제한 것 외 개정사항이 없는 것으로 나타난다.
(라) 또한, 「지방세법」제13조의 중과세율 도입취지가 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구집중을 막기 위함(대법원 1999.5.14. 선고 98두11786 판결)인데 반해, PFV는 명목상의 회사로서 수도권 과밀 유발 요인이 없고, 대규모 개발사업에 민간자본 투자 활성화를 유도하고자 쟁점규정을 두어 중과세율의 적용을 배제하는 것(행정안전부 지방세특례제도과-587, 2022.3.15. 등)으로, 수도권 과밀유발의 요인이 없는 PFV가 취득하는 대도시의 부동산에 대하여는 표준세율 적용대상과 동일하게 취급하겠다는 것이다.
이와 같은 견지에서 구「조세특례제한법」제120조 제1항 제5호와 같이 감면규정과 중과세율의 배제를 동시에 규정한 경우에도 중과세율을 배제하고 표준세율을 적용하여 산출한 세액을 기준으로 감면율을 곱하여 산출한 취득세 감면세액을 농어촌특별세의 과세표준으로 삼게 되는 것이며, 표준세율의 적용을 기준으로 취득세 감면세액에 대한 농어촌특별세의 과세표준을 산정하였던 사실은 그간의 실무운영과 행정안전부 유권해석(행정안전부 지방세운영과-2615, 2008.12.19.)과도 같은 입장이다.
(마) 이러한 태도는 「농어촌특별세법」 소관부처인 기획재정부의 유권해석에서도 나타나는바, 최초 신설당시부터 (쟁점규정과 같은 형식으로) 중과배제 규정만을 규정한 현행 「지방세특례제한법」 제180조의2 제2항의 규정에 대해 일관되게 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 아니한다고 해석하여 왔고(기획재정부 조세지출예산과-190, 2007.3.27. 외 다수), 쟁점규정이 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후 그리고 선행판결이 선고된 이후에도 농어촌특별세 과세대상여부에 대하여 종전과 동일한 입장(기획재정부 조세특례제도과-710, 2022.10.18.)을 취하고 있다.
따라서, 처분청이 이 사건 부동산의 취득에 대하여 쟁점규정을 적용함에 따라 경감된 취득세가 농어촌특별세 과세대상임을 전제로 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법
제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우
(2) 지방세특례제한법
제1조(목적) 이 법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.
제4조(조례에 따른 지방세 감면) ① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)를 할 수 있다. ＜ 각호 생략 ＞
② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다. 다만, 국가 및 지방자치단체의 경제적 상황, 긴급한 재난관리 필요성, 세목의 종류 및 조세의 형평성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 제1호에 해당하는 지방세 감면을 할 수 있다.
2. 「지방세법」 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면
제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
1. 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산
2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산
3. 「조세특례제한법」 제104조의31 제1항에 해당하는 회사가 취득하는 부동산
(3) 조세특례제한법
제104조의31(프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제) ① 「법인세법」 제51조의2 제1항 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 투자회사와 유사한 투자회사로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인이 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도에 대하여 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 “배당가능이익”이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 “배당금액”이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다. ＜각호 생략＞
(4) 농어촌특별세법
제2조(정의) ① 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제
2. 「조세특례제한법」 제72조 제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조 제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용
3. 「지방세법」 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용
③ 제1항 및 제2항에 규정된 용어 외의 용어에 대한 정의는 본세에 관한 법률이 정하는 바에 따른다.
제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 「조세특례제한법」・「관세법」・「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세・법인세・관세・취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(제2호의 경우는 제외한다)
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