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대도시내에 지점설치에 따른 등록세 중과세
<행자부 2001-571, 2001. 11. 26>
주문
이 사건 심사청구 중 처분청이 2001.6.14. 청구인에게 부과 고지한 취득세 130,948,250원, 농
어촌특별세 12,003,570원, 합계 142,951,820원(가산세 포함)은 이를 취소하고, 나머지 등록세
등에 대한 심사청구는 기각한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1996.7.30. 청구 외 ○○제지(주) 외 1인과 공동으로 서울특별시 ○○구
○○동 670-4번지 토지 상에 건축물 5,377.17m”를 취득한 후그 중 청구인 지분(1,792.39
m”, 이하 “이 사건 건물”이라 한다)에 대하여 일반세율에 의한 취득세 등을 신고 납부하
였으나, 세무조사 결과 이 사건 건물을본점의 사무소(영업부, 회계부)로 사용함은 물론,
1997.10.1. 사업자등록(부동산-197-198-임대업)을 하고 임대용으로 사용하고 있으므로, 본점
사업용 부동산 및 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제
5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제3항(1999.1.1.이후 본점으로 사용된 부분은
3배 중과) 및 138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한
취득세 130,948,250원, 농어촌특별세 12,003,570원, 등록세 73,582,960원, 교육세 13,490,200원,
합계 230,024,980원(가산세 포함)을 2001.6.14. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 이 사건 부과처분의 취소 또는 경정을 구하면서 그 이유로, 청구인은 첫째, ○○광
역시 ○○구 ○○동 1438-1번지 상에 본점을 두고 있는 직물제조업체로서 생산품의 전량을
수출하고 있고, 본점 외의 사업장으로서 김해공장, 서울사무소 등을 두고 있으며, 서울사무
소는 해외거래선의 대리인 등이 주로 서울에 있으므로 수출대금의 추심과 자금관리 등을 하
기 위하여 2000.3월부터 본사 회계부서의 일부 직원이 근무하고는 있으나, 본사에 총무·인
사·경리팀 등이 설치되어 회사의 대외적인 업무를 총괄하고 있는데도 단지 서울사무소에
회계팀이 있다는 이유만으로 본점의 사업용 부동산으로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부
당하며, 설령 서울사무소의 일부 부서가 본점의 사업용 부동산에 해당된다고 하더라도 지점
업무에 해당하는 영업팀이 사용하는 면적은 중과대상에서 제외됨에도 이 부분을 중과면적에
포함하여 취득세를 중과세한 처분은 부당하며,둘째, 청구인은 1991.6.22. 서울특별시 ○○구
○○동 738-25번지에 서울사무소를 설치하고 지점등기를 한 후 영업을 해오다가 그 날로부
터 5년이 경과한 1996.7.30.에 이 사건 건물을 취득·등기하였으므로, 비록 청구인이
1996.11.25. 서울사무소를 이 사건 건물로 이전하고 1997.10.1. 부가가치세법에 의한 사업자등
록을 하였다고 하더라도, 최초 지점 설치일부터 5년이 경과하였으므로 등록세 중과대상에서
제외됨에도, 당초 설치한 서울사무소에 사업자등록을 하지 아니하였다는 이유로 등록세 중
과대상으로 본 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이건 심사청구의 다툼은 과밀억제권역 밖에 본점을 두고 있는 법인이 과밀억제권역 내에 건
축물을 신축 취득(등기)한 후 회계부서 등을 두고 사용해 오다가 사업자등록을 한 경우 본
점의 사업용 부동산 및 지점 설치에 따른 부동산 등기로 보아 취득세 및 등록세를 중과세한
처분이 적법한 지 여부에 있다.
먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의
한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득할
경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500(1999.1.1.부터는 100분의 300)으로 한다고 규
정하고, 지방세법시행령 제84조의2제3항에서 법 제112조제3항에서 대통령령이 정하는 「본
점 또는 주사무소의 사업용 부동산」 이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사
용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소 등 복지후생시설 제외)을 말한다고
규정하고 있으며, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설
립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치 이후 5년 이내에 취
득하는 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세 하도록 규정하고, 구 지방세법시행
령(1998.12.31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것) 제102조제2항에서 「법인의 설립과
지점 또는 분사무소 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의
전입에 따른 부동산 등기」 라함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에
취득하는 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행규칙(1998.7.23.
행정자치부령 제11호로 개정되기 전의 것) 제55조의2에서 “사무소 또는 사업장”이라 함은
부가가치세법 등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여
사무 또는 사업이 행하엮지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1987.3.18.에 ○○광역시 ○○구 ○○동 1438-1번
지에 본점을 설립한 후 1991.6.22. 서울특별시 ○○구 ○○동 738-25번지 소재 ○○빌딩의
일부를 임차하여 서울사무소를 설치하고 지점등기를 하였으나, 부가가치세법 등에 의한 사
업자등록은 하지 아니한 상태에서 영업을 해 오다가 1996.7.30. 이 사건 건물을 취득(등기)한
후 1996.11.25. 서울사무소를 이전하고, 동 건물의 일부(1,145.72㎡)에 서울영업팀을 두고 업
무용으로 사용하였으며, 1997.10.1「(주)○○서울사무소」 라는 상호로 사업자등록(부동산 임
대)을 한 후 직접 사용하는 부분을 제외한 나머지 건축물을 임대용에 사용해 오다가
2000.3.20. 서울사무소에 회계부서를 설치하고 수출대금의 추심과 자금관리 업무 등을 수행
한 사실을 알 수 있다살피건대, 위의 규정에서의 「본점의 사업용 부동산」 이라 함은 과밀
억제권역 밖에 본점을 둔 회사가 그 본점을 그대로 둔 채 본점의 업무 중 일부 업무를 처리
하는 연락사무소로 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 뜻한다 할 것이고, 등록세 중과세
요건인 「지점 등」 은 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 영업활동 내지 대외적인 거래업
무가 행하여지는 본점 이외의 장소를 지칭하는 것으로서 세법상의 사업자(사업장)등록을 요
건으로 하고 있으므로(같은 취지의 대법원 판결 1993.1.15. 92누 473), 청구인의 경우
1991.6.22. 서울특별시 ○○구 ○○동 738-25번지 소재 ○○빌딩의 일부를 임차하여 서울사
무소를 설치하고 지점등기를 하였음은 사실이나, 부가가치세법 등에 의한 사업자등록을 한
사실이 없어 지점으로서의 요건을 갖추지 못한 상태에서 서울지역의 제품판매 활동 및 시장
개발업무등 대외적인 거래업무 내지 영업활동을 해 오다가 1996.7.30. 이 사건 건물을 신축
하고 1996.11.25. 서울사무소를 이전한 후인 1997.10.1. 「(주)○○서울사무소」 라는 상호로
사업자등록(업태 및 종목 : 부동산 임대)을 한 후 영업활동을 함으로써 등록세 중과세 대상
이 되는 지점으로서의 요건을 갖추게 되었으므로 등록세 중과세 대상이 된다고 하겠으나,
서울사무소를 이 사건 건물로 이전한 후인 2000.3.20. 영업팀의 지원과 업무의 효율성을 높
이기 위해 본점의 회계팀 중 일부 직원을 서울사무소에 배치하고 수출대금의 추심과 자금관
리 업무, 건물관리 업무, 부가가치세 신고 및 납부 등의 업무를 처리해 오고 있다고 하더라
도 서울지점의 업무를 수행하는 것일 뿐, 부산시에 소재하는 본점의 업무를 수행하는 것으
로 보기는 어렵다 하겠으므로 본점의 사업용 부동산으로 보아 취득세를 중과세한 처분은 잘
못이라 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의
하여 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
