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학교법인이 운영하는 의과대학 부속병원은 정관상에 수익용 기본재산으로 분류되어 있더라도 취득세 비과세 대상임.
(감심 2001-0058, 2001. 5. 15)
<주 문>
처분청은 2000. 7. 11.자 [별지] ‘과세물건 및 부과내역’과 같이 청구인에게
한 취득세 등 합계 993,671,590원의 부과처분을 취소하여야 한다.
<이 유>
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ병원과 △△△△병원에 사용하기 위하여 1995년부
터 1999년까지 취득 및 보유하고 있는 부동산을 학교용으로 직접 사용하지 아
니하고 수익사업에 해당되는 병원용으로 사용하는 것으로 보아, [별지] ‘과세
물건 및 부과내역’과 같이 취득세 등 182,064,920원, 등록세 등 184,390,400원,
재산세 등 406,612,570원, 종합토지세 등 220,603,700원, 합계 993,671,590원을
2000. 7. 11.자로 각 부과 고지하였다.(이하「이 사건 부과처분」이라 한다)
2. 청구의 취지 및 이유
가. 청구 취지
이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구 이유
첫째, ㅇㅇㅇㅇ병원과 △△△△병원은 실질적으로 ㅇㅇ대학교 부속병원이므로
의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업에 해당되어 지방세법에 규정된 용
도구분에 의한 비과세 대상임에도 불구하고 이건 과세처분을 한 것은 실질과세
의 원칙을 위반한 것이며, 둘째, 14년 동안 비과세로 결정 처분하여 비과세 관
행이 성립된 사실을 번복하여 과세처분한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 것이
며,셋째, 공익목적사업을 수행하고 있는 학교법인을 지원하는 조세정책에도 반
하므로 이건 과세처분은 취소되어야 한다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
학교법인이 병원을 의과대학 학생들의 교육을 위한 실습장으로 운영하는 경우
“의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업”에 해당되는 것으로 볼 수 있는
지 여부
나. 인정 사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구인은 1981. 2. 28. 고등교육을 실시함을 목적으로 한림대학을 설치·경
영하기 위하여 설립허가 신청을 하여 1982. 1. 8. 문교부장관의 허가를 받아 설
립되었다.
(2) 청구인은 1981. 11. 30. 대한민국 교육 이념에 입각하여 국가와 인류사회에
필요한 인재를 양성할 목적으로 ㅇㅇ대학 설립인가를 신청하여 1982. 1. 8. 문교
부장관의 인가를 받았다.
(3) ㅇㅇ대학 설립인가 조건 내용에 의하면 1982년 6월말 이전까지 부속병원 부
지를 매입완료하고 1982년도말까지 부속병원 건물 2,400평 이상을 확보하여
1983년도 3월까지 개원할 것으로 되어 있고, 청구인의 설립조건의 하나로 수익
용 기본재산에서 생긴 수익은 학교법인의 학교경영재산기준령 제5조의 규정에
의하여 100분의 80이상을 청구인이 설치 운영하는 학교의 운영비로 지출하도록
되어 있다.
(4) 청구인의 정관 제37조에는 청구인이 설치하여 유지·경영하는 학교의 운영
을 위하여 수익사업의 하나인 의료사업을 하기 위하여 ㅇㅇㅇㅇ병원, △△△△
병원, ㅇㅇ대학교○○병원을 경영하고 위 병원은 교육용으로 사용할 수 있다고
규정하고 있다.
(5) 청구인은 1981. 12. 31. 구 의료법인 ㅇㅇ중앙유지재단으로부터 △△△△병
원과 ㅇㅇㅇㅇ병원(이하「이 사건 병원들」이라고 한다)을 증여받아 1984. 1.경
부터 청구인이 설립한 ㅇㅇ간호전문대학의 학생들에 대한 실습장으로 사용하고
있었고 1986. 3.경부터 ㅇㅇ대학 의과대학생들의 실습장으로 사용하고 있다.
(6) 청구인은 1995. 7. 31.부터 1999. 4. 16. 사이에 취득한 토지 및 건물들도 이
사건 ㅇㅇㅇㅇ병원 및 △△△△병원의 필름창고, 교수연구실 및 기숙사 등으로
사용하고 있다.
(7) 처분청은 청구인이 구 의료법인 ○○중앙유지재단으로부터 △△△△병원시
설과 ㅇㅇㅇㅇ병원시설을 학술목적에 직접 사용하는 것이 아니라 청구인의 목
적사업인 고등교육을 실시하는데 필요한 경비 등을 충당하기 위한 수익을 목적
으로 하는 수익용 기본재산으로 사용하고 있다는 이유로 1984. 5. 16. 위 병원시
설 들에 대하여 취득세 및 재산세 등의 부과처분을 하였으나, 대법원 1986. 7.
22. 선고 86누36 판결(원심판결 : 서울고등법원 1985. 12. 17. 선고 84구1190 판
결)에서 위 부과처분을 취소하였는데 판결의 요지는 용도구분에 의한 취득세
등의 비과세를 규정한 입법취지와 지방세법 제107조 단서의 규정 등에 비추어
보면 위 각 법조에서 규정하고 있는 비영리법인이 그 사업에 직접 사용하는 재
산인가의 여부는 그 실제의 사용관계를 기준으로 하여 판단할 것이고 정관의
규정은 이를 판단함에 있어서 하나의 참고자료에 지나지 아니한다고 판시하고
있다.
(8) 청구인이 2000. 3. 31. 교육부장관에게 제출한 기본재산 현황 중 △△△△병
원과 ㅇㅇㅇㅇ병원이 수익사업체로 분류되어 있다.
(9) 처분청의 2001. 3. 21.자 이 사건 부과처분의 과세대상인 병원시설 등에 대
한 현장확인결과에 의하면 △△△△병원과 ㅇㅇㅇㅇ병원에는 교수 126명, 레지
던트 123명, 인턴 56명, ㅇㅇ대학 의과대학 실습생 33명, ㅇㅇ대학 간호학과 실
습생 9명이 있었고 의과대학 실습생은 1개조 3~4명으로 구성되어 총 15개과를
순회하면서 교육받고 있고 간호학과 실습생은 중환자실에서 교육을 받고 있다.
(10) 이 사건 부과대상인 [별지] ‘과세물건 및 부과내역’에서의 과세물건은
처분청의 2001. 3. 21.자 학교법인 ㅇㅇ학원 부동산 사용현황 결과보고에 의하면
병원, 사무실, 교수연구실, 기숙사 등으로 사용되고 있다.
다. 관계 법령의 규정
(1) 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하면 제사·종
교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비
영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 대하여는 취득
세·등록세를 부과하지 아니한다고 되어 있고, 다만 대통령령이 정하는 수익사
업에 사용하는 경우와 취득일(등기 또는 등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없
이 취득물건의 전부 또는 일부(전부 또는 일부)를 그 사업에 사용하지 아니한
경우에는 그 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다고 되어 있다.
(2) 지방세법 제184조 제1호 및 제234조의12 제2호의 규정에 의하면 제사·종
교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비
영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산(토지)에 대하여는 재산세·종합
토지세를 부과하지 아니한다고 되어 있고, 다만 대통령령이 정하는 수익사업에
사용하는 경우와 당해 부동산(토지)을 유료로 사용하거나 당해 부동산(토지)의
일부가 그 목적에 직접 사용하지 아니하는 경우의 그 일부 부동산(토지)에 대하
여는 그러하지 아니하다고 되어 있다.
(3) 구 지방세법시행령 제79조 제1항 제2호(1999. 12. 31. 대통령령 제16673호로
개정되기 전의 것)에 의하면 ‘교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육
법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체’가 법 제107조 제1호의 대
통령령으로 정하는 비영리사업자의 하나로 규정되어 있다. 지방세법시행령 제94
조 제1항, 제135조 제1항, 제194조의6 제2항에서 “대통령령이 정하는 비영리사
업자”는 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정되어 있다.
(4) 구 지방세법시행령 제78조의 2(1999. 12. 31. 대통령령 제16673호로 개정되
기 전의 것) 제1항에 의하면 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는
수익사업”이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정
되어 있고, 제2항에 의하면 제1항의 규정에 불구하고 ‘교육법 제85조 제1항의
규정에 의하여 설립된 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업’은 수익사업
으로 보지 아니한다고 규정되어 있다. 지방세법시행령 제93조의2, 제135조 제1
항, 제194조의6 제1항에서 “대통령령이 정하는 수익사업”은 제78조의2 규정에
의한 사업을 말한다고 규정되어 있다.
(5) 구 교육법 제85조 제1항(1997. 12. 13. 법률 제5437호 교육기본법 부칙에 의
하여 1998. 3. 1. 폐지되기 전의 것 ; 고등교육법 제4조)에 의하면 초등학교와
법률에 의하여 설립의무가 있는 자가 설립하는 학교 외의 학교를 설립하고자
하는 자는 대통령령이 정하는 설비·편제 기타 설립기준을 갖추어야 하며, 초등
학교·중학교·고등학교·기술학교·고등기술학교·공민학교·고등공민학교·
특수학교 및 유치원과 이에 준하는 각종학교를 설립하고자 하는 자는 시·도
교육감의, 공·사립의 대학·교육대학·사범대학·전문대학·방송통신대학·개
방대학·기술대학과 이에 준하는 각종 학교를 설립하고자 하는 자는 교육부장
관의 인가를 받아야 한다.
라. 판단
용도구분에 의한 비과세를 규정한 지방세법 및 같은 법 시행령의 규정에 의하
면 비영리사업자가 그 사업에 사용하는 부동산 및 사용하기 위하여 취득하는
부동산에 대하여는 비과세 대상으로 하고 있고, 용도구분에 의한 비과세를 규정
한 입법취지에 비추어 보면 용도구분에 의한 비과세 대상 비영리사업자가 그
사업에 직접 사용하는 재산인가의 여부는 그 실제의 사용관계를 기준으로 하여
판단하여야 할 것이고 정관의 규정은 이를 판단함에 있어서 하나의 참고자료에
해당된다고 할 것이다. 다만, 비영리사업자가 취득 및 보유하고 있는 부동산을
수익사업에 사용하는 경우에는 비과세 대상에서 제외하지만, 지방세법시행령 제
78조의2 제2항 제1호에 규정한 ‘의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업’
의 경우에는 그 사업이 수익사업으로 분류된다고 하더라도 특별히 수익사업으
로 보지 아니한다고 규정하여 비과세 대상으로 하고 있다. 청구인은 이 사건 병
원들은 ㅇㅇ대학교 부속병원이므로 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업
에 해당되어 비과세 대상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.
먼저, 청구인이 이 사건 병원들을 그 사업에 사용하고 있는지에 대하여 살펴보
면, 청구인은 ㅇㅇ대학을 설립하여 그 설립인가조건에 따른 부속병원을 새로이
설립하는 대신에 1981년도에 구 의료법인 ○○중앙유지재단으로부터 ㅇㅇㅇㅇ
병원과 △△△△병원을 증여받아 ㅇㅇ간호보건전문대학의 학생들에 대한 실습
장으로 제공하였을 뿐만 아니라 1986. 3.경부터 이 사건 부과처분일 현재까지
ㅇㅇ대학 의과대학 학생들의 연구 및 교육 실습장으로 사용하고 있고, 1995년도
이후에 취득한 부동산들도 이 사건 병원들의 교수연구실 및 기숙사 등으로 사
용하고 있으며 이 사건 병원들의 수익 중 자체경비를 제외한 나머지를 전부 청
구인이 설립한 대학의 운영비로 사용하고 있는 사실이 인정된다. 그러므로 이
사건 병원들이 청구인의 정관과 교육부에 제출한 학교법인의 수익용 기본재산
현황에서 수익사업체로 분류되어 있다고 하더라도 청구인이 그 사업에 직접 사
용하기 위하여 취득하고 또한 사용하고 있기 때문에 과세대상이라고 볼 수 없
다고 할 것이다.
다음으로, 청구인이 운영하는 이 사건 병원들이 의과대학 부속병원에 해당되는
지에 대하여 살펴보면, 일반적으로 의과대학 부속병원이라 하면 의과대학 학생
들의 연구 및 교육을 위한 실습장으로 사용되면서 일반적인 진료행위도 행하여
지는 병원을 의미하므로 위 병원들의 시설운영과 이용실태가 진료행위 뿐만 아
니라 의과대학 학생들의 교육 실습장으로 사용되고 있으므로 위 병원들은 지방
세법시행령 제78조의2 제2항 제1호에 의한 의과대학 부속병원에 해당된다고 할
것이다. 따라서 이 사건 과세물건인 위 병원들 및 이와 관련한 시설 및 기숙사
등은 의과대학 부속병원이 경영하는 의료업에 직접 사용되는 것이어서 용도구
분에 의한 비과세 대상이라고 할 것이다. 그러므로 이 사건 병원들이 청구인의
정관과 청구인이 교육부에 제출한 학교법인의 기본재산현황 중 수익사업체로
분류되어 있어 학교용으로 직접 사용되는 것으로 볼 수 없어 용도구분에 의한
비과세 대상이 아니라는 처분청의 주장은 받아들일 수 없는 것이라고 할 것이
다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 비영리법인인 청구인에 대하여 이 사건 과세물건을 그 사업
에 사용하지 않고 수익사업에 사용하는 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것
은 잘못된 것이고, 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46
조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
