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법인이 취득세를 면제받은 부동산에 대하여 과점주주에게도 취득세가 면제되는지
(감심 2001-0005, 2001.1.16)
<주 문>
처분청은 1999. 2. 10.자로 청구인들에 대하여 취득세 등 계 9,671,680원을 부과한 것에 관하
여 취득세가 감면되는 부분에 해당되는 세액을 다시 산정하여 감면함과 동시에 청구인들의
주식비율을 다시 적용하여 각 세액을 경정하여야 한다.
<이 유>
1. 원처분의 요지
가. 청구인은 충청남도 ○○시 ○○동 555-25에 있는 주식회사 ○○○○(이하「당해 법인」
이라 한다)의 대표이사로서 청구인과 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하「과점주주」라 한
다)들의 주식소유비율이 당초 76%에서 1995. 6. 27.자로 100%가 되었다.
나. 처분청은 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105
조 제6항과 구 지방세법시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하
같다) 제78조 제1항의 규정에 따라 위 과점주주들이 1995. 6. 27.자로 당해 법인의 부동산
등을 모두 취득한 것으로 보아 취득세 과세대상인 토지(공장용지), 건물, 차량운반구 및 시
설장치(이하「이 사건 부동산 등」이라 한다)의 장부상 가액 369,149,007원을 과세표준으로
하여 산출한 취득세 8,859,570원(가산세 1,476,590원 포함)과 이에 부가되는 농어촌특별세
812,110원(가산세 73,820원 포함) 계 9,671,680원(가산세 1,550,410원 포함)을 2000. 2. 10.자로
부과, 고지하는 처분(이하「이 사건 부과처분」이라 한다)을 하였다.
2. 청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
나. 청구 이유
주식회사 ○○○○는 1977년도에 설립되어 자동문을 제조 판매하는 중소업체로서 서울특별
시 ○○구 ○○리 4동에 공장을 두고 영위하던 중 1990. 9. ○○시로부터 충청남도 ○○시
○○동 555-25에 있는 농공단지 내 공장용지 2,313㎡를 분양받고서 공장을 이전하여 현재에
이르고 있다. 그런데 위 농공단지는 농어촌소득원개발촉진법에 의하여 농외소득증대사업의
일환으로 조성된 것으로 위 농공단지 내 공장용지의 취득에 따른 취득세 등은 「충청남도새
마을공장에대한취득세및등록세면제에관한조례」에 의하여 면제를 받았다. (등기자료에 근거
함)이와 관련하여 지방세법 제105조 제6항 단서의 규정에 의하면 “다만, 이 법 및 기타 법
령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니한다.”
고 되어 있으므로 당해 법인이 감면받은 부분은 청구인에게도 해당되는 것으로 보아야 한
다.
그리고 당해 법인의 주주변동상황을 보면 1995. 6. 27.자로 주식변동이 있기 전에 이미 청구
인이 32%, 청구인의 자(○○○)가 24% 합계 56%를 소유하고 있었으므로 그 후 청구인의
사위(○○○)가 24%를 취득하여 과점주주의 주식소유비율이 80%로 증가되었더라도 이는
새로이 과점주주가 된 것이 아니라 이미 과점주주가 된 자의 주식소유비율이 증가된 것에
불과한 것이다. 따라서 위 1995. 6. 27.자의 주식변동은 지방세법 제105조 제6항에 의한 과점
주주 과세에 해당되지 않는다고 보아야 하므로 이 사건 부과처분은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
첫째, 과점주주가 취득한 것으로 보는 법인의 취득세 과세물건에 대하여 당해 법인에서 이
미 취득세를 면제받은 경우에 이를 과점주주에게도 그대로 적용하여 그 취득세를 면제할 수
있는지 둘째, 법인설립시부터 과점주주인 자가 추가로 주식을 취득하였을 경우에 주식소유
비율 전체를 대상으로 과세한 것이 적법한지 여부
나. 인정 사실
이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
(1) 주식회사 ○○○○(대표이사 ○○○)는 1987. 12. 4. ○○시장과 충청남도 ○○시 ○○동
14-5 공장용지 2,238㎡(○○농공지구 안의 토지임)에 대한 분양가계약을 체결한 후 동 토지
상에 공장, 사무실, 기숙사 등 1,001.07㎡(이하「공장건물」이라 한다)를 신축(1990. 1. 24. 준
공)하여 1990. 2. 15. 소유권보존등기를 하는 한편, 1990. 9. 20. 동 토지를 분양(지번은
555-25로, 면적은 2,313㎡로 확정되었다)받아 같은 해 11. 9. 소유권 이전등기를 하였다.
(2) 처분청은 위 “(1)”항의 공장용지와 공장건물의 취득과 등기에 따른 취득세 등 계
9,911,440원을 구 충청남도새마을공장에대한취득세및등록세면제에관한조례(1994. 12. 30. 구
충청남도도세감면조례로 개정되기 전의 것으로, 현행 지방세법 제276조로 흡수 개정되었다.
이하 같다.) 제2조의 규정에 따라 1990. 2. 8.부터 같은 해 11. 8. 사이에 전액 면제하였다.
(3) 한편, 위 주식회사 ○○○○의 주식이동상황명세서에 따르면 총 주식수가 10,000주인데,
1994. 12. 31. 현재 청구인(○○○)이 3,200주(32%), 청구인의 자 ○○○이 2,400주(24%), 청
구인의 동서 ○○○가 2,000주(20%)를 소유하고 있어 청구인과 친족 기타 특수관계에 있는
자들의 주식소유비율의 합계가 76%로서 당해 법인의 과점주주가 되고, 1995. 6. 27.자로 청
구 외 ○○○의 소유주식 2,400주(24%)를 청구인의 사위 ○○○이 취득하여 당해 법인의 과
점주주 주식소유비율이 100%가 되었다.
(4) 처분청은 1999. 12. 2. 당해 법인에 대한 세무조사를 실시하여 위 “(3)”항의 주식변동
상황을 확인하고, 구 지방세법 제105조 제6항 및 구 지방세법시행령 제78조 제1항의 규정에
따라 당해 법인의 설립당시부터 과점주주이던 자들이 주식을 추가로 취득한 1995. 6. 27.자
로 당해 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보는 한편, 이 사건 부동산 등을 취득한 것으로
보아 2000. 2. 10. 이 사건 부과처분을 하였다.
(5) 위 “(4)”항의 이 사건 부동산 등의 장부상 가액은 총 369,149,007원이고, 이 중 토지
(43,825,480원)와 건물(261,696,400원)에 대하여는 위 “(2)”항의 기재 내용과 같이 그 취득
세 등을 감면받은 바 있고, 차량운반구(60,627,127원)와 시설장치(3,000,000원)에 대하여는 감
면받은 바가 없다.
(6) 한편, 처분청이 이 사건 부과처분을 하면서 납세자를 주식회사 한일자동도어(○○○ 외
3)로 기재하였으나 그 실제 납세자는 과점주주인 ○○○ 외 3명이 되어야 하므로 이 사건
심사청구도 위 과점주주(이하「청구인들」이라 한다)가 청구한 것으로 본다.
다. 관계 법령의 규정
(1) 지방세법 제111조 제1항의 규정에 따르면 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한
다. 다만 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다고 되어 있다.
(2) 구 지방세법 제105조 제6항의 규정에 따르면 법인의 주식 또는 지분을 주주 또는 사원
으로부터 취득함으로써 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는
당해 법인의 부동산·차량·건설기계·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·
콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 이 법 및 기타
법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다
고 되어 있다.
(3) 구 지방세법 제111조 제4항의 규정에 따르면 같은 법 제105조 제6항의 규정에 의하여
과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·건설기계·입목·항공기·선
박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한
과세표준은 그 부동산·차량·건설기계(이하 중략)의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의
총수로 제한(나눈) 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 승한(곱한) 금액을 과
세표준으로 한다. 이 경우에 과점주주는 조례의 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필
요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 부당
하다고 인정되는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세 과
세대상자산 총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준으로 한다고
되어 있다.
(4) 구 지방세법 제22조 제2호(1999. 12. 28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)
의 규정은 주주 또는 사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들
로서 그들의 소유주식금액 또는 출자액의 합계액이 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총
액의 100분의 51이상인 자를 과점주주로 하고 있고, 같은 법 시행령 제6조 제1항 제1호와
제2호 및 제4호는 친족 기타 특수관계에 있는 자 중의 하나로 각각 「6촌 이내의 부계혈
족」과 「3촌 이내의 부계혈족여의 부(남편) 및 자」 및 「처의 2촌 이내에 부계혈족 및 그
배우자」를 들고 있다.
(5) 구 지방세법시행령 제78조 제1항의 규정에 따르면 법인의 설립 또는 증자 등으로 인하
여 최초로 과점주주가 된 자가 주주 또는 사원으로부터 법인의 주식 또는 지분을 취득하는
경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것
으로 보아 법 제111조 제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과하도록 되어 있고, 같은 조 제2
항의 규정에 따르면 이미 과점주주가 된 주주 또는 사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을
새로이 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에는 그 증가된
분을 취득으로 보아 법 제111조 제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 되어 있다.
(6) 현행 지방세법시행령 제78조 제1항의 규정에 따르면 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는
유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과
점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주
주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것
으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 되어 있다.
(7) 구「충청남도새마을공장등에대한취득세및등록세면제에관한조례」제2조 제1항의 규정에
따르면 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동
산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세
를 면제하며 그 취득한 부동산을 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만,
제1호 내지 제5호의 경우는 지방세법시행령 제79조의 6 제2항의 규정에 의한 수도권 내에서
는 그러하지 아니하다고 되어 있고, 그 제2호는 농어촌소득원개발촉진법 제8조의 규정에 의
하여 사업계획승인을 받은 자로 규정되어 있다.
(8) 농어촌특별세법 제3조는 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의한 농어촌
특별세를 납부할 의무를 진다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제2조 제1항 본문에 규정된 법
률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자를 들고 있고 그
제5호에서 지방세법에 의한 취득세 또는 경주·마권세의 납세의무자를 들고 있으며, 제5조
제1항 제1호(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것)와 제6호의 규정에 따르면 조
세감면규제법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 취득세 또는 등록세의 감면세액을 과세표
준으로 하는 경우 그 세율이 100분의 20이고, 지방세법에 의하여 납부할 취득세액을 과세표
준으로 하는 경우는 그 세율이 100분의 10으로 되어 있다. 그리고 「농어촌특별세가 비과세
되는 감면조례(1994. 12. 31. 내무부고시 제94-1002호로 고시되고 1998. 9. 25. 행정자치부고
시 제1998-91호로 폐지되기 전의 것)」제4호는 농외소득원 개발을 위한 감면을 들고 있다.
라. 판단
위 인정사실에서 보듯이 청구인의 사위 ○○○이 1995. 6. 27. 청구 외 ○○○으로부터 당해
법인의 주식 2,400주(24%)를 추가로 취득함에 따라 청구인들이 당해 법인의 발행주식 모두
를 소유(청구인 ○○○ 32%, 청구인의 자 ○○○ 24%, 청구인의 동서 ○○○ 20%, 청구인
의 사위 ○○○ 24%, 계 100%)하게 되었고, 이에 처분청은 구 지방세법시행령 제78조 제1
항의 규정에 따라 청구인들이 이 사건 부동산 등을 모두 취득한 것으로 보는 한편, 이 사건
부동산 등이 비과세 또는 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 사
실을 알 수 있다.
그러나 청구인은 첫째, 당해 법인이 이 사건 부동산 등을 취득할 때 그 취득세를 전액 면제
받았으므로 구 지방세법 제105조 제6항의 규정에 따라 과점주주인 청구인들에 대하여도 그
취득세를 면제하여야 하고 둘째, 이미 과점주주인 청구인들의 주식이 1995. 6. 27.자로 일부
증가한 것은 지방세법 제105조 제6항의 규정에 의한 과점주주 과세에 해당되지 않으므로 이
사건 부과처분이 부당하다고 주장하므로 이를 차례로 살펴본다.
먼저 첫째 다툼에 관하여 보면 과점주주에 대하여 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 당해
법인의 재산을 임의 처분하거나 관리, 운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재
산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없게 되는 점과 비공개법인의 주식이나 지분을 특정
인이 독점하는 것을 억제하고 다수인이 참여하는 기업으로 유도하고자 하는 점에 그 취지가
있다 할 것이나, 이는 법인에게 이미 과세한 취득세를 과점주주에게 또다시 부담시키는 이
중과세의 성격을 갖는 점에 비추어 볼 때 그 부과대상 및 요건을 엄격하게 적용하여야 할
것이다.
그런데 구 지방세법 제105조 제6항에 따르면 그 본문에서 법인의 주식 또는 지분을 주주 또
는 사원으로부터 취득하여 과점주주가 된 때에는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로
본다고 되어 있고, 그 단서에는 “이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또
는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다”고 되어 있는바 이는 취득세가 비과세 또
는 감면되는 부분에 대하여는 과점주주가 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보지 않
는다는 것이라 하겠으므로 당해 법인이 그 취득세를 비과세 또는 감면받은 부동산 등은 이
를 취득한 것으로 의제하는 과점주주에 대하여도 그 취득세를 비과세 또는 감면하는 것이
위 단서의 규정에 합당한 것이라 하겠고, 이와 같은 감면규정을 제한하거나 달리 해석할 것
은 아니라고 할 것이다.
따라서 당해 법인이 위 ○○농공단지 안으로 이전하면서 취득한 이 사건 공장용지와 공장건
물에 대하여는 그 취득세 등을 면제받았으므로 이를 취득한 것으로 의제하는 청구인들에 대
하여도 그 취득세를 면제하는 것이 타당한 것이라 하겠다.
다음으로 둘째 다툼에 관하여 보면 구 지방세법 제105조 제6항에서 “법인의 주식을 주주로
부터 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한
것으로 본다”고 규정함으로써 간주취득이 인정되는 경우를 주주로부터의 주식취득에 의하
여 과점주주가 된 때로 한정하고 있는 데 반하여, 구 지방세법시행령 제78조 제1항은 “법
인의 설립 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 주주로부터 법인의 주식을 취득하는
경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아
취득세를 부과한다”고 규정함으로써 법인의 설립 등으로 인한 과점주주로서 그가 이미 소
유하고 있던 주식분에 대하여도 사후에 소급하여 취득세를 부과하는 셈이 되어 지방세법 규
정보다 취득세 과세대상의 범위를 확장하는 잘못된 규정이기 때문에 청구인들이 다른 주주
로부터 1995. 6. 27.자로 취득한 당해 법인의 주식 24% 외에 이미 소유하고 있는 주식까지
합한 100%를 과세대상으로 삼은 것은 적법하지 못한 것이라 하겠다.
따라서 청구인들이 취득한 것으로 의제하는 이 사건 공장용지, 공장건물, 차량운반구 및 시
설장치 중에서 당해 법인이 그 취득세 등을 면제받은 공장용지와 공장건물은 청구인들에 대
하여도 그 취득세 등을 면제하여야 하고, 나머지 차량운반구와 시설장치의 과세표준
63,627,127원의 24%(청구인들이 추가로 취득한 주식비율임)에 해당하는 15,270,510원을 취득
한 것으로 보아 그 취득세 및 농어촌특별세를 부과하여야 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 과점주주인 청구인들에 대하여 취득세 면제규정을 적용하지 않거나 다른
주주로부터 취득한 주식 외에 법인설립시부터 소유하고 있는 주식까지 과세대상에 포함하여
이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이고 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 감
사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
